对于二十年以上历史的违章建筑，其处理方式确实需要综合考量历史背景、法律法规以及当前政策。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议：

一、违章建筑的认定

首先，需要明确的是，违章建筑通常指的是未取得建设工程规划许可证或违反相关规划规定擅自建设的建筑物或构筑物。对于二十年前的违章建筑，相关部门（如城市管理部门、规划部门等）会依据当时的法律法规和规划要求，结合历史资料（如规划审批文件、土地使用文件等）进行详细调查，以核实其是否经过合法的规划许可、施工许可等程序，从而准确认定其是否为违章建筑。

二、考虑历史遗留因素

在处理这类历史遗留的违章建筑时，必须充分考虑当时的历史背景和实际情况。由于过去可能存在法律法规不完善、监管不到位等问题，部分建筑虽未严格按照现行标准办理手续，但可能符合当时的管理水平。因此，在处理时不能简单粗暴地直接拆除，而应结合实际情况，采取更为灵活合理的处理方式。

三、具体处理方式

1. 补办手续：

   • 对于部分符合现行规划要求且不影响公共利益的违章建筑，可以考虑允许当事人补办相关手续，如建设工程规划许可证、施工许可证等，使其合法化。补办手续的具体条件和程序需根据当地政策和实际情况确定，通常包括提交申请、提供相关证明材料、缴纳相关费用等步骤。

2. 罚款保留使用：

   • 对于一些轻微违法且不影响整体规划的违章建筑，可以采取罚款的方式进行处理，并允许当事人继续使用。罚款的金额会根据违建的性质、面积、情节以及当地规定等因素综合考虑确定。

3. 依法拆除：

   • 对于严重违法、影响公共安全或规划的违章建筑，应依法予以拆除。拆除工作需遵循法定程序，包括下达拆除通知、要求当事人限期自行拆除、逾期不拆除则进行强制拆除等步骤。在拆除过程中，应确保当事人的合法权益得到保障，如合理安置、补偿等。

4. 没收或征收：

   • 在某些特殊情况下，对于无法采取其他处理方式的违章建筑，如无法补办合法手续且无法改正的，政府可能会考虑没收实物或违法收入。或者，如果违章建筑具有一定利用价值，政府也可能按照相关规定进行征收，并给予适当补偿。

四、保障当事人权益

在处理过程中，相关部门应严格遵循法定程序，确保当事人的知情权、陈述权、申辩权等合法权益得到充分保障。当事人对处理决定不服的，有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

五、建议与咨询

由于违章建筑处理涉及复杂的法律问题和历史遗留问题，我建议您在处理前咨询当地的城乡规划部门或法律专业人士，以获取更准确的指导和帮助。他们可以根据您的具体情况，提供更为详细和个性化的处理建议。

综上所述，对于二十年以上历史的违章建筑的处理方式需根据具体情况而定，既要严格依法依规处理，又要充分考虑历史遗留因素和实际情况，确保处理的合理性和公正性。希望以上解答能对您有所帮助。