针对已建成多年的违章建筑的处理问题，这是一个涉及法律法规及地方政策规定的复杂议题。以下是我为您提供的详细、有条理的解答：
一、调查与认定
调查主体：
通常由城乡规划主管部门、城市管理综合行政执法部门等相关机构负责。这些机构具备专业的执法能力和权限，能够对违章建筑进行全面、客观的调查。
调查流程：
- 执法人员会通过现场勘查、拍照记录、询问当事人及查阅档案资料等方式，全面收集证据。
- 在充分调查的基础上，依据《城乡规划法》等相关法律法规，对建筑是否属于违章建筑进行明确认定。未取得建设工程规划许可证或未按许可规定建设的建筑，通常会被认定为违章建筑。
二、具体处理方式
根据违章建筑的具体情况，相关部门会采取以下一种或多种处理方式：
限期改正：
- 适用情形：对于可通过改正措施消除对规划实施影响的违建，如补办审批手续或拆除超出许可范围的部分。
- 后续要求：当事人在规定期限内完成改正，并符合相关规划要求。
罚款：
- 适用情形：通常与限期改正并行，作为对违法行为的惩罚。
- 罚款标准：根据违章建筑的面积、性质及对规划的影响程度确定，如《城乡规划法》规定的建设工程造价的百分之五至百分之十。
限期拆除：
- 适用情形：无法采取改正措施消除对规划实施影响的违建，如严重影响城市规划和公共利益的建筑物。
- 法律后果：逾期不拆除的，相关部门可依法强制拆除，费用由当事人承担。在强制拆除前，相关部门会书面催告当事人履行拆除义务，并告知其陈述权和申辩权。
没收实物或违法收入：
- 适用情形：对于已建成且无法拆除，或拆除会对公共利益造成重大损害的违建。
- 后续安排：没收后的实物由政府合理处置，违法收入上缴国库。
三、强制执行与权利救济
强制执行：
- 条件：当事人未在规定期限内履行改正或拆除义务。
- 程序：相关部门可依法申请人民法院强制执行，或直接按地方政府规定实施强制拆除。在实施强制拆除时，执法部门将确保安全有序，并记录现场情况。
当事人的权利救济：
- 行政复议：在知道具体行政行为之日起六十日内，向上一级行政机关提出复议申请。
- 行政诉讼：在知道或应当知道行政行为之日起六个月内，向人民法院提起诉讼，由法院审查行政行为的合法性。当事人提起诉讼需有充分理由和证据支持。
四、注意事项
- 地区差异：处理方式和程序可能因地区而异，需遵循当地的相关法律法规和政策规定。因此，在处理违章建筑时，建议先了解当地的具体政策和规定。
- 特殊情况处理：对于历史遗留问题或特殊情况的违章建筑，应采取灵活且人性化的处理方式，兼顾法律效果与社会效果。例如，对于一些年代久远、影响较小的违章建筑，可以考虑通过补办手续、缴纳罚款等方式进行合法化处理。
总结与建议
面对已建成多年的违章建筑，相关部门将依据法律法规进行调查认定，并根据违章情况采取相应的处理措施。作为当事人，应积极配合调查，并在规定期限内采取相应措施。同时，也有权通过法律途径维护自身权益，但需确保有充分的理由和证据。为避免不必要的麻烦和损失，建议建设单位或个人在建房前务必遵守相关法律法规，按规划进行建设。如果确实存在违章建筑的情况，建议尽早与相关部门沟通并寻求合法化的解决方案。