对于违法建筑已有三年的处理方式，需结合具体情况及法律规定综合判断，以下是分情况说明：

1. 违法建筑未被行政机关查处且持续存在的
   根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年）。但需注意：

   • 例外情形：若违法建筑属于“持续状态”（如持续占用土地、影响规划实施），行政处罚时效从行为终了之日起计算，可能不受两年期限限制；
     
   • 处理方式：行政机关仍可依法责令限期拆除、没收实物或违法收入，并可处罚款。若拒不履行，可能面临强制执行。

2. 违法建筑已被行政机关立案但未执行完毕的
   若行政机关已作出拆除决定但未强制执行，即使超过两年，仍可继续执行。例如：

   • 行政机关曾下达《责令限期拆除决定书》，但当事人未履行且未申请复议/诉讼，行政机关可依法申请法院强制执行；
     
   • 若执行因当事人阻碍（如拒不搬离）中止，恢复执行不受时效限制。

3. 违法建筑涉及诉讼或复议的

   • 若当事人对行政处罚决定提起行政诉讼或复议，案件审理期间不计算在处罚时效内；
     
   • 即使超过两年，若法院/复议机关最终认定建筑违法，行政机关仍可执行处罚决定。

4. 特殊情形：历史遗留问题或政策调整

   • 部分地区对早期违法建筑（如因历史规划缺失形成）可能采取“补办手续+罚款”的补救措施，但需符合当地政策；
     
   • 若建筑因政策变化（如规划调整）从合法变为违法，需根据新规重新认定，但通常不溯及既往。

建议行动：

• 核实建筑性质：确认是否属于“必须拆除”情形（如占用基本农田、影响消防安全等），或可通过补办手续合法化；
  
• 检查行政文书：若收到过《责令限期拆除决定书》等文件，需关注履行期限及复议/诉讼权利，避免丧失救济机会；
  
• 咨询具体政策：联系当地自然资源部门或城管部门，了解地方对历史违法建筑的处理细则。
  

如有进一步细节（如建筑用途、所在地区、是否收到过行政文书等），可向我补充说明，我会结合具体情形为您分析。