违建查封三年后的处理方式需根据具体情况判断，主要分为以下两种情形：

1. 若违建未在查封期间被拆除或未补办合法手续
   根据《行政强制法》及《城乡规划法》规定，查封是行政机关对违法建设采取的临时性强制措施，期限一般不超过30日（特殊情况经批准可延长，但总期限通常不超过60日）。若查封期满后违建仍未被拆除，且未补办规划许可等合法手续，行政机关可能采取以下措施：

   • 继续强制拆除：若违建持续存在且未整改，行政机关可依法启动强制拆除程序，拆除费用由违建人承担；
     
   • 罚款或没收违法所得：若违建已产生收益（如出租），行政机关可没收违法所得，并处以罚款（罚款标准通常为工程造价的5%-10%）；
     
   • 纳入信用记录：部分地区会将违建行为纳入个人或企业信用记录，影响后续贷款、招投标等。

2. 若违建在查封期间补办了合法手续或已自行拆除

   • 补办手续后合法化：若违建人在查封期间或期满后，通过补办规划许可、施工许可等手续，使违建符合法定条件，行政机关将解除查封，违建转为合法建筑；
     
   • 自行拆除后免于处罚：若违建人主动拆除违建并恢复原状，行政机关可能不再追究其他法律责任，但需注意：若拆除过程中造成他人损失（如损坏相邻建筑），仍需承担民事赔偿责任。

关键提醒：

• 查封期限届满不意味着违建“自动合法”，行政机关仍可依法处理；
  
• 违建处理涉及规划、城管、消防等多部门联动，具体程序可能因地区而异；
  
• 若对查封或处罚决定不服，可在收到决定书之日起60日内申请行政复议，或6个月内直接提起行政诉讼。
  

如有进一步疑问（如具体地区政策、处罚标准等），可直接向我咨询。