针对您提出的“不动产查封三年，查封中发现建筑是违建，如何处理”的问题，以下是我的专业解答：

1. 明确违建性质与法律责任：

   • 首先，需由相关行政部门（如城乡规划部门、建设部门等）对违建进行认定，并出具正式的违建认定书。
   • 根据违建的具体情况（如违建面积、违建程度、是否影响城市规划等），确定相应的法律责任，可能包括罚款、拆除、没收违法所得等。

2. 结合查封情况处理：

   • 若不动产已被查封，且查封期间发现违建，需及时通知查封机关，由查封机关与违建认定部门协调处理。
   • 查封机关可能会根据违建的性质和严重程度，决定是否对不动产采取进一步的强制措施，如冻结银行账户、查封其他财产等。
   • 同时，违建的处理也可能影响不动产的查封状态和后续处置，如可能影响拍卖、变卖等程序的进行。

3. 遵循法律程序：

   • 对于违建的处理，必须严格遵循法律程序，包括听证、告知、申辩等环节，确保当事人的合法权益得到保障。
   • 当事人对违建认定或处理决定有异议的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。

4. 综合考虑多种因素：

   • 在处理违建问题时，还需综合考虑不动产的实际情况、当事人的经济状况、社会影响等多种因素。
   • 如违建涉及历史遗留问题、政策调整等复杂情况，可能需寻求政府相关部门的协调与支持。

综上所述，不动产查封期间发现违建，应首先明确违建性质与法律责任，结合查封情况依法处理，并严格遵循法律程序，同时综合考虑多种因素以确保处理的公正性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。