基本农田被占用超20年，可通过以下途径依法维权或处理，具体需结合占用性质、是否取得合法手续等关键因素判断：
1. 确认占用性质：是否合法？
若占用未取得合法审批手续（如未通过土地征收、农用地转用审批）：
根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除或没收地上建筑物，并可处罚款。即使占用超过20年，违法行为不因时间推移而合法化，您仍有权要求恢复土地原状或主张赔偿。
操作建议：立即向当地自然资源局（原国土局）举报，要求查处违法行为；若涉及集体土地，可联合村集体或村民共同维权。
若占用曾取得合法手续（如历史遗留的临时用地许可、征收批文）：
需核查手续是否过期、是否超范围占用。例如，临时用地期限一般不超过2年，到期后应恢复原状；若未恢复，您可要求行政机关履行监管职责。
操作建议：申请政府信息公开，调取占用土地的审批文件，确认其合法性及有效期。
2. 主张权利的时效问题：是否受20年限制？
物权保护不受20年诉讼时效限制：
根据《民法典》第一百九十六条，请求停止侵害、排除妨碍、返还财产等物权请求权不适用诉讼时效。即使土地被占用超20年，您仍有权要求返还土地或恢复原状。
例外：若您曾明确表示放弃权利（如签订补偿协议并领取款项），可能视为权利放弃，需结合具体证据判断。
赔偿请求可能受时效限制：
若主张占用期间的损失赔偿（如租金、农作物收益），需在知道或应当知道权利受损之日起3年内起诉。但若占用行为持续至今，时效从行为终止之日起计算。
3. 行政救济与司法途径结合
行政投诉：
向县级以上自然资源主管部门提交书面举报材料，要求对非法占用行为立案查处，并书面回复处理结果。若行政机关不作为，可提起行政复议或行政诉讼。
民事诉讼：
以侵权为由起诉实际占用人，要求停止侵害、返还土地、赔偿损失。需准备土地权属证明（如承包经营权证）、占用现场照片、证人证言等证据。
刑事举报（若构成犯罪）：
若占用基本农田达到5亩以上且造成耕地大量毁坏，可能涉嫌《刑法》第三百四十二条非法占用农用地罪。可向公安机关报案，追究刑事责任。
4. 特殊情形：历史遗留问题处理
行动建议：
基本农田是国家粮食安全的根本保障，法律对非法占用行为“零容忍”。即使占用时间较长，您仍有权通过法律途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。