当您的基本农田被违法占用时，您可以采取以下步骤来维护自己的合法权益：

首先，您需要明确非法占用农田的主体，并尝试与其进行初步交涉。无论是个人、单位还是政府部门、开发商，您都有权要求其立即停止侵占行为，并恢复农田原状。同时，您也可以向当地的村民委员会或乡镇政府反映情况，寻求他们的帮助和支持，以便进行初步调解。

接下来，全面收集证据是至关重要的。您应该对非法占用农田的现场进行多角度拍照和录像，确保照片和录像能够清晰显示关键信息，如地点标识、占用范围以及涉及的人员和设备等。此外，您还需要保存与农田相关的所有文件，包括土地承包经营权证、土地租赁合同等权属证明，以及可能与非法占用相关的通知、协议等材料。如果可能的话，收集目击者或相关知情人的证言也是非常有帮助的，这可以增强您证据链的完整性。

在采取进一步行动之前，建议您咨询专业律师以获取针对性的法律建议。律师将帮助您分析案情，指导您如何起诉、举证以及如何应对可能的法律挑战。

随后，您应该向相关部门进行举报。自然资源部门负责土地资源的管理和监督，有权对非法占用土地的行为进行查处。您应该向他们详细说明非法占用农田的位置、面积、时间等信息。同时，农业农村部门对耕地保护和农田使用情况有监管职责，您也可以向其反映非法占用农田对农业生产造成的影响。举报可以通过书面形式、举报热线或政务服务平台进行，但请确保举报内容的真实性和准确性。

最后，根据具体情况选择适当的法律救济途径。如果非法占用农田导致您经济损失，如农作物减产、土地肥力下降等，您可以向人民法院提起民事诉讼，要求侵权方承担民事赔偿责任并恢复农田原状。如果非法占用农田的行为涉及政府部门或开发商等强势方，且无法通过其他途径解决，您可以考虑向人民法院提起行政诉讼。在某些情况下，如果非法占用农田的行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，您还可以向公安机关报案，要求对犯罪嫌疑人进行刑事追究。

总之，面对农田被非法占用的情况，保持冷静并采取合法有效的措施是关键。与相关部门和机构的合作也至关重要，共同打击非法占用农田的违法行为，保护农民的合法权益。