结论：三薪加班后让员工把工时补回来，这一做法是否合法，需分情况讨论，一般情况下不合法，但在特定条件下可能合法。以下是对这一问题的详细分析：
一、一般情况下不合法
法律依据：
- 根据《劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：…（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这意味着，在法定节假日加班，员工应获得三倍工资，且这一加班工资是额外的，不应通过调休等方式来抵消。
实践分析：
- 如果用人单位在法定节假日安排员工加班，并支付了三倍工资，但随后要求员工通过补休等方式来“补回”这些工时，这实际上是在剥夺员工应得的加班工资，违反了《劳动法》的相关规定。因为补休通常适用于休息日加班的情况，而不适用于法定节假日加班。
二、特定条件下可能合法（但需谨慎对待）
双方协商一致：
- 虽然《劳动法》对法定节假日加班有明确规定，但如果用人单位与员工能够就加班后的补休或工资支付等问题达成一致意见，并签订书面协议，那么这种安排在理论上是有可能被接受的。然而，这种协商一致必须建立在双方平等、自愿的基础上，且不得违反法律法规的强制性规定。
实际操作中的限制：
- 即便双方协商一致，用人单位也需谨慎操作。因为法定节假日具有特殊性，它不仅是员工的休息时间，还承载着文化、社会等多重意义。因此，即使员工同意补休，用人单位也应考虑这一安排的合理性和社会影响。
潜在风险：
- 如果用人单位未经员工同意，单方面决定在法定节假日加班后让员工补回工时，或者虽然协商但协议内容违反法律法规，那么用人单位将面临法律风险。员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位支付应得的加班工资及可能的赔偿。
三、建议
对于用人单位：
- 应严格遵守《劳动法》的相关规定，在法定节假日安排员工加班时，及时支付三倍工资，并避免要求员工补回工时。如果确实需要员工在法定节假日工作，应提前与员工沟通并达成一致意见，同时确保这一安排符合法律法规的要求。
对于员工：
- 如果遇到用人单位在法定节假日加班后要求补回工时的情况，应首先了解自己的权益和法律法规的规定。如果认为用人单位的做法不合法或不合理，可以与用人单位进行沟通协商；如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁来维护自己的合法权益。
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