核心结论：针对员工不回来上班也不办理离职手续的情况，用人单位不能随意扣除员工工资或进行其他不合理处罚，但可以依据合法程序和规定来主张因员工违约行为给单位造成的损失赔偿。具体可从以下方面处理：

1. 依据规章制度处理

   • 用人单位应首先查看自身合法有效的规章制度中是否有关于员工旷工、不办理离职手续等相关情形的处理规定。如果规章制度明确规定，员工旷工达到一定天数视为严重违反单位规章制度，单位有权解除劳动合同，并且对于因员工不办理离职手续给单位造成的损失（如工作交接延误导致的业务损失、招聘新员工替代的成本等），可以要求员工赔偿。
   • 例如，单位规章制度规定员工连续旷工3天或一年内累计旷工5天，属于严重违反规章制度，单位可以解除劳动合同且不支付经济补偿。同时规定员工不办理离职手续，需赔偿单位因此产生的直接经济损失。在这种情况下，单位可以依据规章制度解除与该员工的劳动合同，并要求其赔偿损失。不过，单位的规章制度必须经过民主程序制定（如经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），并且已经向员工公示或告知（如组织学习、在单位内部公告栏张贴、通过电子邮件发送给员工等方式），否则该规章制度可能对员工不产生约束力。

2. 发送书面通知

   • 单位应向员工发送书面通知，要求其返回单位上班或办理离职手续。通知中应明确告知员工其行为已经违反了单位的规章制度以及可能面临的法律后果，如解除劳动合同、承担赔偿责任等。通知可以通过邮寄（保留好邮寄凭证，如快递单号及签收记录）、电子邮件（确保员工能够正常接收且邮件内容清晰可查）等方式送达员工。
   • 如果员工在收到通知后仍不回应也不采取行动，单位可以进一步采取措施。例如，若单位决定解除劳动合同，应将解除劳动合同的决定以书面形式送达员工，并告知其办理离职手续的具体流程和时间要求，同时说明若不办理将承担的责任。

3. 主张损失赔偿

   • 若员工的行为确实给单位造成了实际损失，单位可以要求员工进行赔偿。损失赔偿的范围应限于因员工不回来上班和不办理离职手续直接导致的合理损失。例如，因员工未交接工作导致单位业务停滞，单位为恢复业务而额外支付的费用；因员工未及时离职，单位继续为其缴纳社会保险等费用（如果单位有证据证明员工明确表示不再履行劳动合同且单位已尽到通知义务的情况下，这部分费用可能可要求员工返还）；招聘新员工替代该员工所产生的招聘费用、培训费用等。
   • 单位在主张损失赔偿时，需要承担举证责任，即提供充分的证据证明损失的存在以及该损失与员工的行为之间存在直接的因果关系。例如，对于业务停滞导致的损失，单位可以提供业务合同、业务记录、因停滞产生的额外费用发票等证据；对于招聘费用，可以提供招聘广告发布费用发票、与招聘机构签订的合同及付款凭证等。

4. 通过劳动仲裁或诉讼解决

   • 如果员工拒绝赔偿损失或双方对损失赔偿金额存在争议，单位可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求员工赔偿损失。在仲裁过程中，单位需要按照仲裁委员会的要求提交相关证据，证明自己的主张。
   • 如果对仲裁结果不服，单位还可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，通过司法程序来解决争议。在诉讼过程中，同样需要提供充分的证据来支持自己的诉讼请求。

注意事项：在整个处理过程中，用人单位必须严格遵守法律法规的规定，确保处理程序的合法性和合理性。避免采取过激或不合法的手段，如擅自扣除员工工资（除非符合法律法规规定的可以扣除工资的情形，如因员工本人原因给单位造成经济损失，单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿可从员工本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准）、停缴社会保险等，否则可能会面临法律风险，如被员工投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼，要求单位承担相应的法律责任。