结论：小店员工在新年期间自动离职，休完年假后是否有工资，需根据具体情况判断，包括离职原因、是否完成工作交接以及劳动合同或公司规章制度的相关规定。
分析说明：
离职原因与工资支付：
- 自动离职的合法性：员工自动离职，即未经公司同意擅自离职，可能构成违约。但即便如此，员工在离职前已提供劳动的部分，公司仍应支付相应工资。
- 工资支付原则：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者提供劳动后，用人单位应按时足额支付工资。这一原则不受员工离职方式的影响。
年假与工资支付：
- 年假性质：年假是员工依法享有的休息休假权利，年假期间员工虽未提供劳动，但公司应支付正常工资。
- 年假工资支付：若员工在离职前已休完年假，且年假期间工资未支付或支付不足，员工有权要求公司补足。但若员工自动离职且未完成工作交接，公司可能根据规章制度或劳动合同约定，在支付工资时扣除相应损失。
劳动合同与公司规章制度：
- 劳动合同约定：劳动合同中可能明确规定了员工离职时工资支付的条件和方式，包括自动离职的情况。员工应仔细审查劳动合同，了解自己的权利和义务。
- 公司规章制度：公司规章制度也可能对员工离职时的工资支付做出规定。若规章制度合法且员工已知悉，公司有权按照规章制度执行。
特殊场景：
- 员工自动离职且未完成工作交接：在此情况下，公司可能根据规章制度或劳动合同约定，在支付工资时扣除因员工未完成工作交接而造成的损失。但扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 员工自动离职但已提供充分劳动：即使员工自动离职，只要其已提供充分劳动，公司就应支付相应工资。公司不得以员工自动离职为由拒绝支付工资。
行动建议：
- 员工方面：若员工认为公司未支付或未足额支付工资，可先与公司协商解决。协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 公司方面：公司应完善劳动合同和规章制度，明确员工离职时工资支付的条件和方式。同时，在员工离职时，公司应依法支付工资，并妥善处理工作交接等事宜，以避免不必要的法律纠纷。
后续思考：
- 劳动合同与规章制度的完善：公司应定期审查并更新劳动合同和规章制度，确保其符合法律法规要求，并明确员工离职时的权利和义务。
- 员工法律意识提升：员工应增强法律意识，了解自己的权利和义务，并在离职时依法维护自己的合法权益。
如有更多关于劳动工伤（工资福利）方面的疑问，可直接向我咨询。