结论：酒店申请退款而商家未同意的情况下，款项通常不会自动退回。是否退款以及退款的具体流程，主要取决于您与酒店之间的合同约定以及相关法律法规的规定。
分析说明：
合同约定优先：
- 在您与酒店签订的租赁合同（或相关服务协议）中，通常会包含关于退款的具体条款。这些条款会明确在何种情况下可以退款、退款的具体流程以及退款的时间限制等。
- 如果合同中明确规定了退款的条件和流程，并且您符合这些条件，那么您有权要求酒店按照合同约定进行退款。如果酒店拒绝退款，您可以通过法律途径来维护自己的权益。
无合同约定或约定不明：
- 如果合同中没有明确规定退款的相关条款，或者条款表述模糊、存在争议，那么就需要参考相关法律法规的规定。
- 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，如果因为酒店的原因（如服务不符合约定、酒店设施故障等）导致您无法继续享受服务，您有权要求酒店退款。但是，如果是因为您自身的原因（如个人行程变更、个人喜好变化等）要求退款，且合同中没有相关约定，那么酒店可能有权拒绝退款。
退款流程与时间：
- 即使酒店同意退款，退款的具体流程和时间也可能因酒店政策、支付方式等因素而有所不同。
- 一般来说，酒店会在收到退款申请后的一定时间内（如几个工作日内）进行审核，并告知您退款的具体金额和时间。如果酒店未能在合理时间内给出答复或拒绝退款，您可以与酒店进一步沟通或寻求法律帮助。
行动建议：
- 查看合同条款：首先，请仔细查看您与酒店签订的合同或相关服务协议，了解其中关于退款的具体条款和规定。
- 与酒店沟通：如果合同中有退款条款且您符合条件，或者您认为酒店存在违约行为导致您无法享受服务，请及时与酒店沟通并要求退款。在沟通过程中，请保持冷静和理性，明确表达自己的诉求和理由。
- 寻求法律帮助：如果酒店拒绝退款且您认为自己的权益受到了侵害，可以考虑寻求法律帮助。您可以咨询专业律师（比如我，张翠云律师，专注于婚姻家庭、合同纠纷领域），了解自己的法律权益和可行的维权途径。在必要时，您还可以向消费者协会、旅游监管部门等相关机构投诉或寻求帮助。
后续思考依据：
- 在处理类似纠纷时，合同条款是判断双方权利义务的重要依据。因此，在签订合同时，请务必仔细阅读并理解其中的各项条款和规定。
- 如果遇到退款纠纷且无法与酒店协商解决时，及时寻求法律帮助是维护自己权益的有效途径。作为专业律师，我可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和帮助。