关于“分公司的店能否开总公司的发票以及是否合法”的问题，这确实是一个涉及公司法、税法及相关行政法规的复杂议题。以下是我为您提供的详细分析：

一、合法性的基本判断

在一定条件下，分公司的店开总公司的发票是合法的。但这一合法性并非无条件，而是需要满足一系列法律与税务上的要求。

二、合法性的核心条件

1. 公司法的支持：

   • 分公司作为总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。在总公司的授权范围内，分公司可以开展业务活动，包括开具发票。这为分公司代总公司开票提供了法律基础。

2. 税法的合规性：

   • 根据税法规定，对外发生经营业务收取款项的单位和个人，收款方应当向付款方开具发票。因此，只要分公司实际参与了合同对应的业务并收取了款项，其开具发票的行为在法律上是被允许的。
   • 税法并未严格禁止总公司签合同、分公司开票的操作模式，但强调业务必须真实、发票与实际交易相符。

3. 内部授权与统一核算：

   • 总公司必须向分公司出具明确的内部授权，授权分公司负责合同业务中的发票开具等相关事宜。
   • 分公司应实际提供与合同相关的货物或服务，并确保业务的真实性。
   • 总公司与分公司之间应实行统一核算，或至少确保税务处理的合规性，以避免税务风险。

4. 税务合规与申报：

   • 分公司开具发票后，需按照税收法规的要求进行纳税申报和缴纳税款，确保税收征管流程的合规性。
   • 无论分公司是独立核算还是非独立核算，其纳税义务都应得到妥善处理，避免偷税漏税等违法行为。

三、特殊行业的考虑

对于某些特殊行业，如建筑企业，税法可能有特别规定。例如，总公司可以与发包方签订建筑合同，并通过内部授权或三方协议的方式，授权分公司为发包方提供建筑服务并收款开票。这体现了税法对特定行业的特殊考虑和灵活性。

四、法律风险与注意事项

1. 业务真实性：

   • 必须确保合同签订与实际业务相匹配，分公司应实际参与合同对应的业务。若纯粹为了开票而开票，将构成虚开发票行为，面临严重的法律后果。

2. 税务处理合规性：

   • 总公司和分公司在税务处理上应严格按照规定进行，确保纳税申报准确无误，避免税务机关的处罚。

3. 合同、发票、资金三流一致：

   • 为降低税务风险，企业应尽量做到合同、发票、资金三流一致，即合同签订方、发票开具方和资金收付方应保持一致。

五、结论与建议

综上所述，分公司的店在一定条件下开总公司的发票是合法的，但需满足公司法、税法及相关行政法规的严格要求。为确保安全合规，我建议您：

1. 确保总公司向分公司出具明确的内部授权，授权分公司负责发票开具等相关事宜。
2. 确保分公司实际参与合同对应的业务，并确保业务的真实性。
3. 严格按照税收法规的要求进行纳税申报和缴纳税款。
4. 尽量做到合同、发票、资金三流一致，以降低税务风险。

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