加盟店能否开具总公司的发票需分情况讨论，其合法性取决于具体操作模式及税务合规性，具体分析如下：

1. 若加盟店与总公司为独立核算主体，且未发生真实业务转移
   根据《发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务的单位或个人应当向付款方开具发票。若加盟店独立经营、独立核算，仅使用总公司品牌但未将业务实质转移至总公司，则加盟店无权直接开具总公司发票。此时若强行以总公司名义开票，可能构成“虚开发票”行为（即无真实交易背景下开具发票），违反《刑法》第二百零五条及《发票管理办法》第二十二条，面临行政处罚甚至刑事责任。

2. 若加盟店与总公司存在合法业务委托关系，且符合税务规定
   若双方通过书面协议明确约定：加盟店以总公司名义对外经营，业务收入、成本、税费均由总公司统一核算（即“总分机构模式”），且已向税务机关备案（如办理总分机构税务登记、申请汇总纳税等），则加盟店可按总公司授权开具发票。此时需满足：

   • 业务真实性：加盟店实际提供的服务/商品需与发票内容一致；
     
   • 资金流一致：付款方需将款项支付至总公司账户（或按税务要求划转）；
     
   • 税务合规：总公司需按税法规定申报纳税，加盟店不得单独核算税费。
     若未满足上述条件，即使双方存在内部协议，仍可能被税务机关认定为“代开发票”或“挂靠经营”，存在税务风险。

3. 实务建议

   • 合同设计：若需以总公司名义开票，应签订书面《委托经营协议》或《品牌授权协议》，明确权利义务、资金流向及税务处理方式；
     
   • 税务备案：向主管税务机关申请总分机构税务登记，或按“挂靠经营”规定办理相关手续；
     
   • 风险隔离：避免加盟店自行收取款项后转交总公司，否则可能被认定为“资金回流”，触发虚开发票调查；
     
   • 定期审计：保留业务合同、付款凭证、物流单据等证据，以证明交易真实性。

总结：加盟店能否开具总公司发票需结合业务实质、合同安排及税务备案综合判断。若您涉及此类操作，建议提供具体合同条款、资金流向及税务处理方式，我可进一步分析合规性并制定风险防控方案。