结论：出库给分公司但开票给总公司是否合法，需根据具体交易情况、合同约定及税法规定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、合同关系与交易实质
合同相对性原则：
- 根据《民法典》合同编，合同具有相对性，即合同权利义务原则上仅约束合同双方。若总公司与供应商签订采购合同，约定由分公司实际收货，但合同主体仍为总公司与供应商，则供应商向总公司开票符合合同约定，不违法。
- 关键点：需审查合同是否明确约定“收货方为分公司，开票方为总公司”，且各方对此无异议。
交易实质与“三流一致”：
- 税法上要求“货物流、资金流、发票流”一致，以防范虚开发票风险。若货物实际由分公司接收，但资金由总公司支付、发票开给总公司，需确保交易真实且符合商业逻辑（如总公司统一采购后分配给分公司）。
- 风险点：若分公司与总公司无资金往来或内部调拨凭证，可能被税务机关认定为“票货分离”，涉嫌虚开发票。
二、税务合规性
增值税规定：
- 根据《增值税暂行条例》及实施细则，销售方应向购买方开具发票。若总公司是实际购买方（即使货物由分公司接收），供应商向总公司开票合法。
- 例外情形：若分公司独立核算且为增值税一般纳税人，供应商直接向分公司开票可能更符合税务要求（需合同约定支持）。
企业所得税处理：
- 若总公司统一采购后无偿调拨给分公司，需按视同销售处理，确认收入并计算增值税及企业所得税。此时，总公司需保留调拨凭证（如出库单、内部结算单）以证明交易真实性。
- 建议：建议通过内部协议明确调拨价格及税务责任，避免税务风险。
三、操作建议
合同层面：
- 在采购合同中明确约定“收货方为分公司，开票方为总公司”，并附分公司授权收货的书面文件。
- 若分公司独立核算，可考虑签订三方协议（总公司、分公司、供应商），明确各方权利义务。
财务与税务层面：
- 保留完整的交易链条证据（如采购合同、付款凭证、出库单、分公司收货确认单、内部调拨单等）。
- 定期与分公司核对账目，确保资金流与货物流匹配。
- 咨询主管税务机关，确认具体操作是否符合当地税务要求。
风险防范：
- 避免为降低税负而人为调整交易流程（如虚构交易、资金回流等），否则可能面临行政处罚甚至刑事责任。
- 若交易结构复杂，建议提前进行税务筹划，确保合规性。
四、法律后果
- 合法情形：若交易真实、合同约定明确且符合税法要求，出库给分公司但开票给总公司合法，无需承担法律责任。
- 违法情形：若虚构交易、票货分离或未按规定申报纳税，可能面临补缴税款、滞纳金、罚款（如《税收征收管理法》第六十三条），甚至涉嫌虚开增值税专用发票罪（《刑法》第二百零五条）。
总结：出库给分公司但开票给总公司是否合法，需结合合同约定、交易实质及税务规定综合判断。建议从合同设计、财务凭证保留及税务合规性三方面入手，确保交易合法合规。如有进一步疑问，可直接向我咨询公司法务或税务合规问题。