关于“是否可以对分公司开票以及这种行为的合法性”的问题，这确实是一个涉及公司法、税法及相关行政法规的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：
一、分公司开票的合法性基础
公司法角度：
- 分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立的法人资格，但在总公司的授权范围内，是可以开展业务活动的，这包括开具发票。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，分公司可以领取营业执照，并在总公司授权范围内进行经营活动。
税法角度：
- 《中华人民共和国发票管理办法》明确规定，对外发生经营业务收取款项的单位和个人，收款方应当向付款方开具发票。这意味着，只要分公司实际参与了业务并收取了款项，其开具发票的行为在法律上是被允许的。
- 税法并未严格禁止总公司与分公司之间的开票行为，但要求业务必须真实、发票与实际交易相符。
二、分公司开票的具体条件
真实交易基础：
- 无论是总公司向分公司开票，还是分公司向总公司开票，都必须建立在真实的交易基础之上。这包括货物销售、劳务提供或服务交易等经济业务。
税务登记与资格：
- 分公司需完成税务登记，并取得相应的税务登记证。根据经营业务情况，分公司还需进行税种认定，确保其具备开票的资格和条件。
内部授权与统一核算：
- 如果总公司授权分公司进行开票，必须出具明确的内部授权文件。
- 总公司与分公司之间应实行统一核算，或至少确保税务处理的合规性，以避免税务风险。
交易证明文件：
- 分公司应保存并提供相关的交易证明文件，如合同、发货单、回执单等，以证明双方之间的经济交易是真实、合法的。
三、分公司开票的操作步骤与注意事项
操作步骤：
- 登录税务系统，使用电子发票管理系统进行开票登记。
- 准确填写开票信息，包括购买方信息、销售方信息、商品或劳务名称、规格型号、数量、单价、金额、税率/征收率、税额等。
- 缴纳税款，并确认发票内容的准确无误后，将开具好的发票交付给对方。
注意事项：
- 确保业务的真实性，避免虚开发票行为。
- 遵守税收政策和法规要求，确保发票的合规性。
- 明确分公司与总公司之间的财务和税务关系，避免双重征税或漏税风险。
- 遵循企业自身的内部财务和管理制度，确保开票行为的准确性和合规性。
四、特殊行业的规定
- 对于某些特殊行业，如建筑企业，税法可能有特别规定。例如，总公司可以与发包方签订建筑合同，并通过内部授权或三方协议的方式，授权分公司为发包方提供建筑服务并收款开票。
五、法律风险与合规建议
- 业务不真实的风险：如果合同签订与实际业务不匹配，或纯粹为了开票而开票，将构成虚开发票行为，面临严重的法律后果。
- 税务处理不当的风险：若总公司和分公司在税务处理上没有按照规定进行，可能导致纳税申报不准确，进而面临税务机关的处罚。
- 合规建议：企业应确保相关手续齐全、合规，避免出现法律问题。同时，应尽量做到合同、发票、资金三流一致，以降低税务风险。
综上所述，分公司开票在一定条件下是合法的，但需满足公司法、税法及相关行政法规的严格要求。企业在实际操作中应谨慎行事，确保业务的真实性、发票的合规性以及税务处理的正确性，以规避潜在的法律风险。如果您有具体的开票需求或疑问，建议咨询专业的税务顾问或律师以获取更详细的指导。