结论：自己公司能否给不同经营公司开票是否合法，需分情况讨论，关键在于业务真实性、关联交易合理性及税务合规性。以下从不同角度展开分析：

1. 若业务真实且符合关联交易规则，合法

• 业务真实性：若两家公司（如母公司与子公司、同一控制下的关联公司）存在真实的交易（如销售商品、提供服务），且合同、资金流、物流等证据链完整，开票行为合法。
• 关联交易合规性：根据《企业所得税法》及《税收征收管理法》，关联交易需按独立交易原则定价，避免通过转移利润逃避税收。若定价公允、程序合规，开票行为合法。
• 税务申报要求：需在增值税申报时如实填报关联交易信息，并在企业所得税汇算清缴时披露关联交易情况，否则可能被税务机关调整。

2. 若业务不真实或存在以下情形，违法

• 虚开发票：若两家公司无实际业务，仅通过开票虚构交易（如“走账”“过票”），可能构成《刑法》第二百零五条规定的“虚开增值税专用发票罪”，最高可处无期徒刑。
• 转移利润避税：若通过关联交易低价销售、高价采购等方式人为转移利润，减少税负，可能被税务机关认定为“不合理商业目的”，依据《企业所得税法》第四十七条进行纳税调整，并处以罚款。
• 未履行税务义务：若未按规定申报关联交易、未代扣代缴税款（如非居民企业所得税），可能面临行政处罚。

3. 实务建议

• 完善证据链：保留合同、付款凭证、物流单据等，证明交易真实性。
• 合规定价：关联交易定价需参考市场公允价格，必要时聘请第三方机构出具评估报告。
• 主动披露：在税务申报时如实填报关联交易信息，避免隐瞒或虚假陈述。
• 咨询专业意见：若涉及复杂交易结构（如跨境关联交易、成本分摊协议），建议提前咨询税务机关或律师，确保合规。

总结：公司间开票的合法性取决于业务真实性、关联交易合理性及税务合规性。若存在疑问，可直接向我咨询具体场景下的风险及应对方案。