总公司能开票给分公司，在一定条件下是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、合法性前提
公司法规定：
- 分公司作为总公司的分支机构，若已依法设立并领取营业执照，则在总公司授权范围内可从事经营活动，包括开具发票。这是因为分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担，但分公司可以在总公司授权下以自己的名义进行业务活动。
税法规定：
- 税收管理中要求发票的开具与实际的交易活动、款项支付等保持一致。只要分公司实际参与了合同对应的业务并收取了款项，其开具发票的行为在法律上是被允许的。
- 同时，税法并未严格禁止总公司开票给分公司的操作模式，但要求业务真实、发票与实际交易相符。
二、具体操作要点
内部授权：
- 总公司必须向分公司出具明确的内部授权，授权分公司负责相关业务中的发票开具等相关事宜。这是确保分公司开票行为合法性的关键。
业务真实性：
- 分公司应实际提供与合同相关的货物或服务，并确保业务的真实性。如果分公司未实际参与合同对应的业务而纯粹为了开票而开票，将构成虚开发票行为，面临严重的法律后果。
税务合规与申报：
- 分公司开具发票后，需按照税收法规的要求进行纳税申报和缴纳税款，确保税收征管流程的合规性。无论分公司是独立核算还是非独立核算，其纳税义务都应得到妥善处理。
三、风险及注意事项
税务风险：
- 必须确保符合税务规定，避免被税务机关认定为虚开发票。这要求企业在开具发票时，必须确保发票内容与实际业务相符，且业务真实发生。
- 企业应保留好相关业务合同、资金往来凭证、货物运输单据等资料，以证明业务的真实性。这些资料在税务检查时将起到关键作用。
法律文件完备性：
- 总公司与分公司之间的内部授权文件应完备，明确双方权利义务。这有助于在发生纠纷时，清晰界定各方责任。
- 在涉及第三方（如客户）时，应确保相关手续齐全、合规，避免引起误解或不必要的法律纠纷。
四、特殊行业规定
- 对于某些特定行业，如建筑企业等，税法中可能有特别规定。例如，总公司可以与发包方签订建筑合同，并通过内部授权或三方协议的方式，授权分公司为发包方提供建筑服务并收款开票。这体现了税法对建筑行业的特殊考虑和灵活性。因此，在处理类似问题时，需仔细研究相关税法条款，并确保操作符合税法要求。
总结与建议：
总公司能开票给分公司，在一定条件下是合法的，但具体实施时需综合考虑公司法、税法等多个方面的规定和要求。为确保合规性，我建议企业在实施前：
- 咨询专业法律或税务顾问，对具体的业务模式、合同条款等进行详细的审查和评估。
- 建立健全的内部管理制度，确保开票行为的真实性和合规性。
- 保留好相关业务合同、资金往来凭证等资料，以备税务检查时使用。
如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。