结论：公司合同约定八小时工作制，但考勤显示九小时是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、标准工时制度下的分析
一般情况：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条及《国务院关于职工工作时间的规定》第三条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十小时（或四十四小时，根据具体法规理解，实践中多以四十小时为准）的工时制度。因此，在标准工时制度下，每天工作九小时超出了法律规定的八小时上限，若这九小时未包含合理的休息时间，且周工作时间也相应超标，则通常不合法。
特殊情况：
- 如果用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。这意味着，在某些特定情况下，如紧急生产任务或突发事件处理，劳动者可能需要加班至九小时甚至更长，但这需要有合法的加班审批程序和相应的补偿措施（如支付加班费或安排调休）。
二、特殊工时制度下的分析
综合计算工时工作制：
- 对于某些特殊行业或岗位，如交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊需连续作业的职工，以及地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工，可以实行综合计算工时工作制。在这些情况下，如果经过劳动行政部门批准，劳动者的日工作时间可能超过八小时，但总的工作时间应在一个周期内（如周、月、季、年）符合法定标准。因此，在这些特殊行业下，即使单日工作时间达到九小时，只要总工作时间符合规定，也是合法的。
不定时工作制：
- 对于企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的职工，可以实行不定时工作制。在不定时工作制下，劳动者的工作时间不受每日八小时的限制，但用人单位应确保劳动者的休息权利得到保障。
三、合同内容与实际执行的分析
- 合同内容：劳动合同中约定的工作时间条款必须符合国家法律法规的规定。如果合同中明确规定了每日工作九小时且没有合法的加班依据或补偿措施，那么该条款可能是违法的。
- 实际执行：即使劳动合同中没有明确规定每日工作九小时，但如果用人单位在实际执行过程中要求劳动者每日工作九小时且未支付加班费或未安排补休，这也构成违法行为。根据《劳动保障监察条例》第二十五条，用人单位违反劳动保障法律、法规或者规章延长劳动者工作时间的，由劳动保障行政部门给予警告，责令限期改正，并可以按照受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准计算，处以罚款。
四、建议
- 劳动者：如果发现自己的工作时间超出了法律规定，且没有得到合法的加班补偿，可以向用人单位提出异议，要求调整工作时间或支付加班费。如果用人单位拒绝改正，可以向当地劳动保障行政部门投诉或申请劳动仲裁。
- 用人单位：应严格遵守国家关于工作时间的规定，合理安排劳动者的工作时间，确保劳动者的身心健康和休息权利。如果因生产经营需要延长工作时间，应依法与劳动者协商并支付加班费或安排调休。
总结：公司合同约定八小时工作制但考勤显示九小时是否合法，需根据具体情况判断。在标准工时制度下，通常不合法；但在特殊工时制度或特定情况下，可能是合法的。无论如何，用人单位都应确保劳动者的休息权利得到保障，并依法支付加班费或安排调休。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。