劳动合同中约定9小时工作制，其合法性需根据具体情况判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、标准工时制度下的合法性
在标准工时制度下，根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周工作时间不超过40小时的工时制度（注：此处依据最新法律规定进行了更正，原四十四小时表述已调整为四十小时）。因此，如果劳动合同中直接约定每日工作时间为9小时，且未包含合理的休息时间，也未支付加班工资，那么该约定通常是不合法的。因为这超出了国家规定的每日工作时间上限。
然而，如果这9小时中包含了合理的用餐、休息等时间，并且用人单位依法支付了延长工作时间的工资报酬（一般情况下，支付不低于工资的150%的工资报酬），同时保证了劳动者每周至少有一天的休息时间，那么这样的工作安排在符合其他劳动法规的前提下，可以被视为合法。但这种情况较为特殊，需要具体分析。
二、特殊工时制度下的合法性
综合计算工时工作制：
- 对于因工作性质和生产特点不能实行标准工时制度的企业，可以实行综合计算工时工作制。在这种制度下，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时，但总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
- 如果用人单位实行综合计算工时工作制，并且已经过劳动行政部门的审批，同时9小时的日工作安排在计算周期内总工时不超标准，那么这样的工作安排是合法的。
不定时工作制：
- 不定时工作制下，劳动者工作时间没有固定的限制，用人单位无需支付延长工作时间的加班工资。
- 如果劳动者所在岗位适用不定时工作制，并且已经过劳动行政部门的审批，那么9小时的工作安排不涉及加班工资问题，也是合法的。但这种情况同样需要具体分析岗位性质和审批情况。
三、合同有效性及劳动者权益保护
- 如果劳动合同中关于9小时工作时间的约定违反了法律强制性规定（如未支付加班工资且无合法工时制度审批），该条款可能无效或部分无效。此时，劳动者有权要求用人单位调整工作时间或支付相应的加班工资。
- 如果用人单位通过欺诈、胁迫手段使劳动者签订包含9小时工作时间条款的合同，劳动者更有权请求劳动争议仲裁机构或人民法院确认该条款无效，并维护自己的合法权益。
四、建议
- 对于劳动者：在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工作时间和劳动报酬的部分。如发现违法或不合理条款，应及时与用人单位沟通协商或寻求法律援助。同时，保留好相关证据，如工资条、考勤记录等，以备不时之需。
- 对于用人单位：应严格遵守国家劳动法规，合理安排劳动者的工作时间和休息时间。如需实行特殊工时制度，应提前向劳动行政部门申请并获得审批。同时，加强内部管理，完善规章制度，确保企业的合法合规运营。
综上所述，劳动合同中约定9小时工作制的合法性需根据具体的工时制度、合同有效性及是否遵守相关法律法规来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。