年假补偿不需要扣除已发的工资。以下是详细解释：
法律背景
根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十条的规定，用人单位经职工同意不安排年休假或者安排职工年休假天数少于应休年休假天数，应当在本年度内对职工应休未休年休假天数，按照其日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。这意味着，年假补偿是在职工已正常获得工资的基础上，额外支付的报酬，用于补偿职工因未享受年休假而可能遭受的损失。
具体计算与理解
日工资收入的计算：
- 日工资收入按照职工本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）进行折算。这里的月工资是指职工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资。
年假补偿的计算公式：
- 未休年休假工资报酬 = 日工资收入 × 300% × 应休未休年休假天数 - 已支付的日工资收入（这部分实际上在300%中已经包含，所以实际支付时只需支付额外的200%）。
- 简化理解：由于300%中已经包含了职工正常工作期间的工资收入（即100%），所以用人单位实际需要额外支付的是200%的日工资收入作为年假补偿。但这里的表述重点在于，年假补偿是独立于已发工资之外的，不需要从已发工资中扣除。
实际操作中的注意事项：
- 用人单位在计算年假补偿时，应确保日工资收入的准确性，并正确计算应休未休年休假天数。
- 如果用人单位与职工就年假补偿发生争议，职工可以通过劳动争议调解仲裁机构申请仲裁，对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
特殊情况说明
- 如果用人单位已经安排了年休假，但职工因个人原因书面提出不休年休假，用人单位可以只支付其正常工作期间的工资收入，而无需支付额外的年假补偿。
- 如果用人单位因工作需要不能安排职工年休假，且已经按照规定支付了年假补偿，那么职工就不能再要求额外的补偿或休假。
总结与建议
年假补偿是用人单位对职工应休未休年休假的一种补偿方式，其计算基础是职工的日工资收入，且不需要扣除已发的工资。如果用人单位未按照规定支付年假补偿，职工有权依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。