赔偿金通常不应扣除请假的工资。以下从不同角度进行详细分析：

赔偿金性质与目的

赔偿金的作用在于对劳动者因用人单位违法而遭受的损失进行补偿，目的是让劳动者恢复到劳动关系原本的状态。请假工资则是劳动者因自身原因（如病假、事假等）未进行劳动而应得的报酬，它与用人单位的违法行为所导致的损失没有直接的联系。因此，从赔偿金的性质和目的来看，它不应扣除请假的工资。

法律规定与计算基数

根据相关法律规定，经济补偿金（赔偿金的一种形式）的计算基数是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，这里的工资指的是应得工资，涵盖计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。在请假期期间，尽管劳动者没有实际提供劳动，但是请假期扣发工资后的应得工资，依旧应当作为计算经济补偿金平均工资的一部分。计算经济补偿金时，要按照正常计算平均工资的方法，以包含请假期情况下的应得工资来确定计算基数，而非将请假期扣发的工资单独扣除后再计算。

特殊情况与合同约定

虽然通常情况下赔偿金不应扣除请假的工资，但倘若双方在劳动合同中明确作出了约定，或者基于其他合法的理由，那有可能会对赔偿金的计算设定特殊的规定。例如，如果劳动合同中明确规定，在计算赔偿金时需要扣除请假的工资，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应当按照合同约定执行。然而，这种情况相对较少见，且需要严格的合同条款和法律依据来支持。

实际案例与争议解决

在实际操作中，如果公司支付赔偿金时扣除了劳动者请假期间的工资，而劳动者认为不合理，双方可能会就此产生争议。例如，小许与公司解除劳动关系，公司支付赔偿金时扣除了小许请假期间的工资。小许认为不合理，主张赔偿金不应扣除请假工资，公司则称有自己的计算依据。在这种情况下，双方可以通过协商、劳动仲裁或诉讼等法律途径来解决争议。仲裁机构或法院会根据具体的法律规定、合同约定以及实际情况来判定公司扣除行为是否合法。

建议：

1. 审查劳动合同：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于赔偿金计算和扣除的条款，确保自己的权益得到保障。
2. 保留证据：在发生争议时，劳动者应保留好相关证据，如工资条、请假条、劳动合同等，以便在需要时提供证明。
3. 寻求法律帮助：如果劳动者对公司扣除赔偿金的行为有异议，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径来维护自己的权益。

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