经济补偿金一般不应扣除请假工资。下面我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 经济补偿金的计算基数：

   • 经济补偿金的计算基数是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这里的“平均工资”指的是应得工资，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入。
   • 请事假或病假期间，虽然劳动者没有实际提供劳动，但请事假或病假扣发工资后的应得工资，依旧应当作为计算经济补偿金平均工资的一部分。

2. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，经济补偿金的计算以劳动者在本单位工作年限为基础，每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年按一年算，不满六个月支付半个月工资。这里的“月工资”是指解除或终止劳动合同前十二个月的平均工资。
   • 现行法律法规对于计算经济补偿金基数时是否要剔除医疗期等非正常工作时间的工资并没有明确规定，各地司法实践对此类案例的裁判口径也并不统一。但从保障劳动者权益的角度出发，一般不应扣除请假工资。

3. 实际情况分析：

   • 在实际操作中，如果用人单位随意扣除请假工资来减少经济补偿金的支付，这是不合法的。因为经济补偿金的计算是基于劳动者的应得工资，而不是实发工资。
   • 如果劳动者在离职前一段时间请事假或病假较多，可能会影响经济补偿金最终计算基数的认定。但这种情况下，用人单位仍应按照法律规定支付经济补偿金，不得随意扣减。

综上所述，经济补偿金一般不应扣除请假工资。如果用人单位在计算经济补偿金时扣除了请假工资，劳动者可以向用人单位提出质疑并要求按照法律规定支付经济补偿金。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。