结论：赔偿按应发工资计算时，一般不扣除请假工资，但具体是否扣除需根据请假类型、公司规章制度及劳动合同约定综合判断。以下从不同角度详细分析：
一、应发工资的定义与构成
应发工资，通常指劳动者在正常提供劳动的情况下，应获得的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等。它反映了劳动者在正常工作状态下的收入水平，是计算赔偿（如工伤赔偿、经济补偿等）的重要依据。
二、请假工资扣除的常见情形
事假：
- 劳动者因个人原因请事假，公司通常会根据规章制度扣除相应天数的工资。但这种扣除是基于劳动者未提供劳动的事实，而非赔偿计算时的直接扣除。
- 在计算赔偿时，应发工资一般不考虑事假扣除的部分，因为赔偿是基于劳动者正常工作状态下的收入水平。
病假：
- 劳动者因病请病假，根据法律规定和公司规章制度，公司应支付病假工资或疾病救济费。这部分工资通常低于正常工资，但并非完全扣除。
- 在计算赔偿时，如果病假工资或疾病救济费已经作为劳动者实际收入的一部分，那么这部分收入可能会被纳入赔偿计算基数中，但并非直接扣除请假期间的工资。
其他假期：
- 如年假、婚假、产假等，这些假期通常是带薪的，即劳动者在享受假期期间仍应获得全额工资。
- 因此，在计算赔偿时，这些假期的工资通常不会被扣除。
三、赔偿计算中的应发工资确定
工伤赔偿：
- 根据《工伤保险条例》等相关规定，工伤赔偿中的一次性伤残补助金、伤残津贴等，通常以劳动者受伤前的应发工资为计算基数。
- 在这个过程中，一般不会因为劳动者之前请过事假、病假等而扣除相应工资。
经济补偿：
- 在计算经济补偿时，如用人单位解除劳动合同的经济补偿，通常以劳动者在劳动合同解除前十二个月的平均工资为计算基数。
- 这个平均工资也是基于应发工资计算的，同样不会因为劳动者之前请过假而直接扣除相应工资。但需要注意的是，如果劳动者在请假期间没有获得工资（如事假），那么这部分月份的工资可能会影响平均工资的计算。
四、公司规章制度与劳动合同约定的影响
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了请假期间工资的扣除方式，以及这些扣除是否会影响赔偿计算，那么这些规定将作为判断依据。
- 但需要注意的是，这些规定必须符合法律法规的规定，不能侵犯劳动者的合法权益。如果规定存在违法或不合理之处，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
五、建议与注意事项
劳动者：
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资、请假、赔偿等方面的规定。
- 如果对合同条款有疑问或不满，应及时与公司沟通并寻求法律意见。
- 在发生工伤或需要经济补偿时，应保留好相关证据（如工资条、请假条、医疗证明等），以便在需要时维护自己的合法权益。
用人单位：
- 在制定公司规章制度时，应确保规章制度符合法律法规的规定，不侵犯劳动者的合法权益。
- 在计算赔偿时，应严格按照法律法规的规定和劳动合同的约定进行，避免因为计算错误或违规操作而引发劳动争议。
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