员工依法享受带薪年休假时，用人单位不得扣除其出勤工资。这是基于我国相关法律法规的明确规定，旨在保障劳动者的合法权益。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律法规依据
根据《职工带薪年休假条例》第二条的规定，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工，只要连续工作满1年，均有权享受带薪年休假。在此期间，职工应享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，带薪年休假期间，职工的工资待遇不受影响，应视为正常出勤，因此不应扣除出勤工资。
进一步地，《企业职工带薪年休假实施办法》第十一条对带薪年休假期间的工资计算方式进行了具体规定。该条规定指出，计算未休年休假工资报酬的日工资收入，应按照职工本人的月工资除以月计薪天数（即21.75天）来进行折算。这里的“月工资”特指职工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月中，剔除加班工资后的月平均工资。对于在本用人单位工作时间不满12个月的职工，则按实际月份来计算月平均工资。这一规定同样适用于带薪年休假期间工资的发放，即职工在年休假期间应享受与正常工作期间相同的工资收入。
二、带薪年休假与全勤奖的关系
全勤奖作为对员工考勤周期内正常出勤的奖励，其设立初衷是为了提高员工的工作积极性和工作效率。而带薪休假是劳动者的法定权利，两者并不冲突。在劳动者依法享受带薪休假且遵守公司规章制度的情况下，用人单位应当保障其全勤奖不受影响。也就是说，带薪年休假期间，职工应被视为正常出勤，不应因此扣除全勤奖或出勤工资。
三、特殊情况说明
尽管通常情况下带薪休假不应扣除出勤工资或全勤奖，但具体规定可能因公司政策、劳动合同或集体合同等因素而有所不同。若公司规章制度中明确规定，全勤的定义为无任何请假记录（包括带薪休假），且该制度已经过合法程序制定并向劳动者公示，那么在这种情况下可能会扣除全勤奖或出勤工资。然而，这样的规定可能因限制劳动者合法权益而存在法律风险。因为根据法律法规，带薪年休假是劳动者的法定权利，用人单位不得以任何理由剥夺或限制。
四、建议与应对措施
查阅公司规章制度：劳动者应首先了解并熟悉公司的相关规章制度，特别是关于全勤奖和带薪休假的具体规定。这有助于劳动者明确自己的权益和义务，避免因不了解规定而遭受不必要的损失。
与公司沟通：如有疑问或不满，建议劳动者及时与公司相关部门沟通，寻求合理解释或解决方案。通过沟通，劳动者可以更好地了解公司的政策意图和实际操作情况，从而维护自己的合法权益。
法律维权：若公司规定确实侵犯了劳动者的合法权益，劳动者可以通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。在维权过程中，劳动者应保留好相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。
综上所述，员工依法享受带薪年休假时，用人单位不得扣除其出勤工资。这是基于法律法规的明确规定和劳动者合法权益的保护。然而，在具体实践中，劳动者还需关注公司政策差异，并在必要时采取相应措施来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。