结论：公司申报个税时将工会福利费计入您的应税收入是否合法，需分情况判断，具体如下：

1. 若工会福利费属于“免税福利”范畴，则公司申报行为不合法
   根据《个人所得税法》第四条及实施条例，符合以下条件的工会福利费可免征个税：

   • 法定福利：如困难补助、救济金、探亲路费等明确免税项目；
     
   • 集体福利：以实物形式发放的节日慰问品（如米面油等），或符合当地工会规定的现金补贴（需在限额内，如部分地区规定每人每年不超过2000元）。
     若公司申报的福利费属于上述免税范围，您有权要求公司更正申报，并可向税务机关举报违规行为。

2. 若工会福利费属于“应税收入”范畴，则公司申报行为合法
   以下情况需缴纳个税：

   • 超标准发放：如现金补贴超过当地工会规定的限额；
     
   • 非福利性质支出：如以工会名义发放的奖金、津贴、购物卡等，实质为工资薪金或偶然所得；
     
   • 福利与工资混同：公司将福利费与工资合并发放，且未单独区分免税部分。
     此时公司需依法代扣代缴个税，否则可能面临税务处罚。

3. 实务建议

   • 核实福利性质：要求公司提供工会福利发放的明细及依据（如工会文件、当地标准），判断是否属于免税范围；
     
   • 核对个税申报记录：通过“个人所得税”APP查看申报明细，确认福利费是否被错误归类为“工资薪金”或“其他所得”；
     
   • 协商或投诉：若公司拒不更正，可向当地税务机关举报（需提供证据），或通过劳动仲裁主张权益（如涉及工资混同）。

提示：工会福利费的税务处理因地区政策而异，建议结合当地税务机关的解释进一步判断。如有疑问，可直接向我提供具体福利类型及金额，我会为您详细分析。