结论前置：员工在职期间申请被迫解除劳动合同仲裁后仍不离开公司，公司可采取以下措施应对：

1. 明确仲裁请求与法律后果
   员工申请被迫解除劳动合同仲裁，通常需基于《劳动合同法》第38条规定的情形（如未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社保、未提供劳动条件等）。若仲裁请求成立，员工有权解除合同并主张经济补偿金。但仲裁期间劳动关系并未自动终止，员工继续工作属于合法行为，公司无权强制其离职。此时需分情况处理：

   • 若公司确实存在违法情形（如拖欠工资），建议尽快补正违法行为（如补发工资、补缴社保），避免仲裁败诉后需支付经济补偿金；
     
   • 若公司不存在违法情形，需在仲裁中积极举证反驳员工主张，避免承担不利后果。

2. 规范用工管理，避免扩大风险
   仲裁期间，公司应保持员工原工作岗位、待遇不变，避免单方调岗、降薪或停发工资，否则可能被认定为“未提供劳动条件”或“拖欠工资”，反而坐实员工被迫解除的理由。若员工存在旷工、严重违纪等行为，公司可依据规章制度处理，但需确保制度合法有效（如经民主程序制定、已公示告知），否则可能因程序瑕疵被认定违法解除。

3. 仲裁结果出来后的处理

   • 若仲裁裁决支持员工被迫解除：劳动关系自仲裁裁决生效之日起解除，公司需支付经济补偿金（按工作年限×月工资标准）。此时员工若仍不办理离职手续，公司可书面通知其限期交接工作、返还财物，并停发后续工资；若员工拒不配合，可依据《劳动合同法》第50条向法院申请强制执行。
     
   • 若仲裁裁决驳回员工请求：劳动关系继续存续，公司可要求员工继续履行劳动合同。若员工仍拒绝工作，可按旷工处理，依据规章制度解除合同（需注意解除程序合法性，如通知工会、送达解除通知等）。

4. 特殊情形：员工“不辞而别”
   若员工在仲裁期间擅自离职且未办理交接，公司可按以下步骤处理：

   • 书面催告员工返岗，明确告知旷工后果；
     
   • 若员工仍不返岗，依据规章制度以“严重违纪”解除合同，并保留证据（如催告记录、考勤记录等）；
     
   • 若员工主张被迫解除成立，但实际未提供劳动，公司可主张其未履行劳动义务，拒绝支付仲裁裁决后的工资，但需注意经济补偿金仍需支付（若裁决支持）。

温馨提示：仲裁期间劳动关系状态复杂，建议公司及时咨询专业律师，制定针对性策略，避免因操作不当承担额外法律责任。如有进一步疑问，可直接向我提问。