结论：基本工资减少而加班工资增加这种情况是否合理，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

从劳动合同约定的角度

1. 若劳动合同有明确约定：劳动合同是用人单位与劳动者确定劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了基本工资和加班工资的计算方式、标准等，且用人单位在调整工资结构时，没有违反劳动合同的约定，那么这种调整在一定程度上是合理的。例如，劳动合同约定基本工资为 3000 元，加班工资按照国家规定标准计算，用人单位在后续调整中，将基本工资降低至 2500 元，但同时提高了加班工资的计算基数，使得劳动者在正常工作及加班情况下的总体收入并未减少，甚至有所增加，这种情况下调整工资结构是可行的。
2. 若劳动合同无明确约定或约定不明：当劳动合同对基本工资和加班工资没有明确约定或者约定不明确时，用人单位不能随意调整工资结构。根据《中华人民共和国劳动合同法》第十八条规定，劳动合同对劳动报酬和劳动条件等标准约定不明确，引发争议的，用人单位与劳动者可以重新协商；协商不成的，适用集体合同规定；没有集体合同或者集体合同未规定劳动报酬的，实行同工同酬；没有集体合同或者集体合同未规定劳动条件等标准的，适用国家有关规定。在这种情况下，用人单位单方面降低基本工资、增加加班工资的行为可能缺乏合法依据，劳动者有权提出异议。

从法律法规的角度

1. 最低工资标准：用人单位调整工资结构时，必须确保劳动者的基本工资不低于当地最低工资标准。最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。如果用人单位将基本工资降低至低于当地最低工资标准的水平，即使加班工资有所增加，这种调整也是违法的。例如，某地区最低工资标准为 2000 元，用人单位将劳动者基本工资从 2200 元降低至 1800 元，即使加班工资相应提高，这种行为也违反了最低工资标准的规定。
2. 加班工资计算规定：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。用人单位在调整工资结构时，不能违反这些关于加班工资计算的规定。如果用人单位通过降低基本工资来变相减少加班工资的支付，例如将原本以基本工资为基数计算的加班工资，改为以低于基本工资的某个数值为基数计算，这种行为是不合法的。

从实际收入影响的角度

1. 总体收入未减少：如果用人单位调整工资结构后，劳动者在正常工作和加班情况下的总体收入并没有减少，甚至有所增加，那么这种调整相对来说更容易被接受。例如，劳动者原来基本工资 3500 元，每月加班 20 小时，按照原加班工资计算方式，加班工资为 500 元，总体收入 4000 元；调整后基本工资降低至 3000 元，但加班工资计算基数提高，每月加班 20 小时的加班工资变为 800 元，总体收入 3800 元（这里假设调整后总体收入未减少仅为举例，实际需综合计算），且用人单位能提供合理的调整理由，如企业经营状况变化、优化薪酬体系等，劳动者可能会理解这种调整。
2. 总体收入减少：若调整工资结构导致劳动者总体收入减少，那么这种调整显然是不合理的，劳动者有权要求用人单位恢复原工资结构或者按照原工资水平支付劳动报酬。例如，劳动者原来基本工资 4000 元，加班工资 600 元，总体收入 4600 元；调整后基本工资降至 3000 元，加班工资虽有所增加但仅为 500 元，总体收入 3500 元，这种情况下劳动者可以通过与用人单位协商、申请劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。

建议：如果你遇到了基本工资减少、加班工资增加的情况，首先要仔细查看自己的劳动合同，了解其中关于工资结构的约定；其次，计算一下调整前后的总体收入变化情况；最后，如果认为用人单位的调整不合理，可以先与用人单位进行沟通协商，要求用人单位说明调整的原因和依据。如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问，欢迎随时向我咨询。