结论前置：综合工时制员工月薪收入折算后低于当地政府规定的最低时薪标准，是违法的。下面我将从多个角度详细解释这一问题。

一、法律背景与规定

1. 最低工资标准：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。这一标准通常是以小时、日或月为单位设定的，旨在保障劳动者的基本生活需求。

2. 综合工时制：综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许用人单位在保障劳动者身体健康并充分听取劳动者意见的基础上，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保劳动者的休息休假权利和生产、工作任务的完成。然而，即使采用综合工时制，劳动者的工资也不能低于最低工资标准。

二、月薪收入折算与最低时薪标准的比较

1. 月薪收入折算：在综合工时制下，员工的月薪收入需要根据其实际工作时间进行折算，以确定其每小时的工资水平。这一折算过程应当遵循公平、合理的原则，确保员工的工资水平与其实际劳动贡献相匹配。

2. 与最低时薪标准的比较：如果月薪收入折算后的每小时工资水平低于当地政府规定的最低时薪标准，那么用人单位就违反了劳动法的相关规定。因为最低时薪标准是保障劳动者基本生活需求的底线，任何低于这一标准的工资支付都是违法的。

三、违法后果与法律责任

1. 违法后果：用人单位如果支付低于最低时薪标准的工资，将面临劳动行政部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。同时，劳动者也有权要求用人单位补足差额部分，并可能因此解除劳动合同并要求经济补偿。

2. 法律责任：用人单位违反最低工资标准规定，不仅需要承担行政责任，还可能面临民事赔偿责任。如果因工资支付问题引发劳动争议，用人单位可能需要承担诉讼费用、律师费用等额外成本。

四、建议与措施

1. 自查自纠：用人单位应当定期自查工资支付情况，确保员工的工资水平不低于最低工资标准。如果发现存在违法情况，应当立即进行纠正，并补足差额部分。

2. 加强沟通：用人单位应当与员工保持密切沟通，及时了解员工的工资需求和期望。在制定工资政策时，应当充分考虑员工的实际情况和合理诉求，确保工资政策的公平性和合理性。

3. 寻求法律帮助：如果用人单位在工资支付方面存在疑问或困惑，可以及时向我咨询。作为专业律师，我将根据具体情况提供针对性的法律建议和帮助。

总结：综合工时制员工月薪收入折算后低于当地政府规定的最低时薪标准是违法的。用人单位应当严格遵守劳动法的相关规定，确保员工的工资水平不低于最低工资标准。如果存在违法情况，应当及时进行纠正并承担相应的法律责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。