综合工时制员工的基本工资低于最低工资是不合法的。以下从多个角度进行详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。这一规定具有普遍适用性，无论实行何种工时制度，包括综合计算工时制，都必须遵守。
   • 《最低工资规定》第三条和第十二条也进一步阐释了最低工资标准的定义，并明确规定在劳动者提供正常劳动的情况下，用人单位应支付给劳动者的工资在剔除延长工作时间工资、特殊工作环境津贴及法律规定的福利待遇等后，不得低于当地最低工资标准。

2. 综合工时制的特殊性：

   • 综合计算工时制是一种特殊的工时制度，允许以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间。这种灵活性并不意味着可以规避最低工资标准的法律规定。
   • 在综合计算周期内，劳动者的实际工作时间可能会超过每日8小时或每周40小时的标准，但整个计算周期内的总工作时间不应超出法定标准工作时间。若超出，则视为加班，需按法律规定支付加班费。然而，这并不影响基本工资必须达到最低工资标准的要求。

3. 工资支付要求：

   • 无论采用何种工时制度，用人单位都必须确保支付给劳动者的工资（包括基本工资、奖金、津贴等，但剔除延长工作时间工资、特殊工作环境津贴及法律规定的福利待遇等）不低于当地最低工资标准。
   • 如果用人单位支付的基本工资低于最低工资标准，即使加上加班费等其他收入后总体工资达到或超过最低工资标准，这种做法也是不合法的。因为基本工资是劳动者劳动报酬的基础部分，必须单独达到最低工资标准。

4. 劳动者权益保护：

   • 如果用人单位违反规定，支付低于最低工资标准的工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 劳动监察部门将依法进行调查处理，对违反最低工资标准规定的用人单位进行处罚，包括但不限于罚款、赔偿劳动者损失等。

建议与行动：

• 如果你作为综合工时制的员工，发现自己的基本工资低于当地最低工资标准，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其按照法律规定支付工资。
• 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，记得提供相关的证据材料，如工资条、劳动合同等，以便劳动监察部门或仲裁机构进行调查处理。

总之，综合工时制员工的基本工资必须达到当地最低工资标准，这是法律规定的底线。用人单位应严格遵守这一规定，确保劳动者的合法权益得到切实保障。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。