员工实得工资低于最低工资是不合法的。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据与合法性判断
根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条及《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条的规定，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。若用人单位违反此规定，劳动行政部门将责令限期支付差额部分或经济补偿。因此，从法律层面明确，员工实得工资低于最低工资标准是违法的。
二、最低工资标准的定义与适用范围
最低工资标准是指劳动者在法定工作时间或劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位应支付的最低劳动报酬。这一标准由地方政府综合考虑经济情况、生活水平和就业状况等因素确定，并会定期调整。正常劳动范畴包括按劳动合同约定的工作时间内的劳动，以及带薪年休假、探亲假、婚丧假等法定假期和法定工作时间内参加的社会活动。这意味着，在这些情况下，员工都有权获得不低于最低工资标准的报酬。
三、单位扣款的规定与限制
虽然用人单位可依法自主确定工资分配方式和水平，但这一自主权并非无限制的。用人单位不得违反最低工资保障制度，即不得通过扣款等方式使员工实得工资低于最低工资标准。若因劳动者原因造成经济损失需赔偿，可从其工资中扣除，但每月扣除额不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。这一规定旨在保护劳动者的基本生活需求，防止用人单位滥用扣款权。
四、劳动者权益保障措施
协商先行：当劳动者发现工资被扣至低于最低工资标准时，应首先尝试与用人单位协商，要求纠正并补足差额。这是解决劳动纠纷的最直接、最有效的方式。
投诉与仲裁：若协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，由其进行监督检查并责令改正。或者，劳动者也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求单位补足工资差额及可能的经济补偿。对仲裁结果不服的，劳动者还可向人民法院提起诉讼。
五、实际案例与法律后果
在实际操作中，如果用人单位因各种原因（如违规扣款、未按时足额支付工资等）导致员工实得工资低于最低工资标准，一旦被劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会查实，将面临严重的法律后果。除了需要补足工资差额外，用人单位还可能被处以罚款、支付经济补偿金等处罚。这些法律后果旨在维护劳动者的合法权益，确保劳动市场的公平与正义。
总结与建议：
员工实得工资低于最低工资标准是不合法的，劳动者有权依法维护自身权益。在面对这种情况时，劳动者应首先尝试与用人单位协商解决；若协商无果，则应及时向劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。同时，用人单位也应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益不受侵害。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。