对于事实清楚但原被告法律关系不明确的案例，法院的判决会基于查明的事实和现有证据，结合法律规定和法律原则，对双方的法律关系进行认定，并据此作出判决。以下从几个角度详细分析：

1. 法院对事实的认定：

   • 在事实清楚的情况下，法院会首先确认案件的基本事实，如双方的行为、交易过程、合同内容（如果有的话）等。这些事实是判断双方法律关系的基础。

2. 法律关系的认定：

   • 当原被告之间的法律关系不明确时，法院会依据查明的事实，结合相关法律法规和司法解释，对双方的法律关系进行推断和认定。例如，如果双方存在书面合同，但合同内容模糊或存在争议，法院可能会根据合同的实际履行情况、双方的行为习惯、行业惯例等因素来推断双方的真实意思表示，从而确定法律关系。
   • 如果双方没有书面合同，但存在事实上的交易或行为，法院也会根据这些事实行为，结合相关法律规定，来判断双方的法律关系。比如，在民间借贷纠纷中，即使没有书面借条，但如果存在转账记录、聊天记录等证据证明双方存在借贷关系，法院也会认定借贷法律关系的存在。

3. 判决的依据和原则：

   • 法院在判决时，会遵循公平、公正、诚实信用等法律原则，确保判决的合法性和合理性。
   • 如果双方的法律关系确实难以认定，或者存在多种可能的解释，法院可能会根据举证责任分配的原则，要求一方承担更多的举证责任。如果该方无法提供足够的证据支持其主张，法院可能会倾向于支持另一方的观点。

4. 可能的判决结果：

   • 如果法院认定了双方的法律关系，并据此认为一方应当承担法律责任，那么法院会判决该方承担相应的法律责任，如赔偿损失、履行合同等。
   • 如果法院无法认定双方的法律关系，或者认为双方的法律关系与案件的处理结果无关，那么法院可能会根据案件的具体情况，判决驳回原告的诉讼请求，或者判决双方各自承担一定的责任。

举例说明： 假设在一个案件中，原告主张与被告存在借贷关系，并提供了转账记录作为证据。但被告否认借贷关系，主张该转账是原告偿还之前的借款。在这种情况下，如果法院查明转账事实清楚，但双方对转账的性质存在争议，法院就需要根据双方提供的证据和陈述，结合相关法律法规和司法解释，来判断双方的法律关系。如果法院认为原告提供的证据不足以证明借贷关系的存在，而被告的主张更符合常理和交易习惯，那么法院可能会驳回原告的诉讼请求。

建议：

• 对于当事人来说，在涉及法律关系不明确的案件时，应尽可能收集并提供充分的证据来支持自己的主张。
• 如果对法律关系或案件处理结果存在疑问，可以及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

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