结论：三薪扣工时是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
法定节假日三薪与工时扣除的合法性
- 法定节假日三薪规定：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这是国家对法定节假日工作的特殊补偿，旨在保障劳动者在特殊日期的劳动权益。
- 工时扣除的合法性分析：若用人单位在支付法定节假日三薪的同时，扣除劳动者相应的工作日工时，这种做法通常是不合法的。因为法定节假日是劳动者的休息日，用人单位应当支付加班费，而不应通过扣除工时来抵消这部分费用。工时扣除可能侵犯了劳动者的休息权和获得劳动报酬的权利。
特殊情况下的工时调整与补偿
- 综合计算工时制：在某些实行综合计算工时制的行业中，如交通、铁路、邮电等，用人单位可能根据生产特点，经劳动行政部门批准，实行以周、月、季、年等为周期的综合计算工作时间。在这种情况下，如果劳动者在法定节假日工作，用人单位仍需支付三薪，但工时计算可能更为复杂，需根据综合计算周期内的总工时来判断是否超时，并据此支付加班费或安排补休。然而，这并不意味着可以随意扣除工时来抵消三薪。
- 不定时工作制：对于实行不定时工作制的劳动者，如高级管理人员、外勤人员等，其工作时间不受固定工时限制。但即便如此，在法定节假日工作，用人单位也需支付三薪。工时扣除同样不适用于这种情况。
用人单位违法扣除工时的法律后果
- 行政处罚：如果用人单位违法扣除劳动者工时，劳动行政部门有权责令其改正，并可能处以罚款等行政处罚。
- 民事赔偿：劳动者有权要求用人单位支付被扣除工时对应的工资报酬，并可能要求支付经济补偿金或赔偿金。
- 劳动争议解决：双方可通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径解决劳动争议。劳动者可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
建议：
- 劳动者角度：如果遇到用人单位在支付三薪的同时扣除工时的情况，应首先与用人单位协商解决。协商无果的，可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动争议仲裁。
- 用人单位角度：应严格遵守国家法律法规，确保在支付法定节假日三薪的同时，不扣除劳动者工时。如需调整工时或安排补休，应与劳动者协商一致，并签订书面协议。
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