店长应立即采取以下措施处理顾客殴打智障员工事件：

1. 确保员工安全并报警
   店长需第一时间制止暴力行为，将受伤员工转移至安全区域，并立即拨打110报警。无论伤势轻重，均需通过警方固定证据（如监控录像、现场证人），避免因“私了”导致后续维权困难。若员工受伤，应同步呼叫120急救，并保留医疗记录作为后续索赔依据。

2. 固定证据并调查事实
   店长需立即封存事发地监控录像，记录目击者联系方式（如其他员工、顾客），并要求涉事顾客暂不离场配合调查。若顾客拒绝配合，应明确告知其可能承担的法律责任（如《治安管理处罚法》第43条规定的“殴打他人”可处5-10日拘留）。若员工因智力障碍无法清晰描述事件，需通过其监护人或同事辅助取证。

3. 区分责任并启动法律程序

   • 刑事责任：若员工伤情经鉴定构成轻伤及以上（如骨折、脑震荡），顾客可能涉嫌《刑法》第234条“故意伤害罪”，店长应协助员工或其监护人向公安机关报案，追究顾客刑事责任。
     
   • 民事赔偿：无论是否构成刑事犯罪，员工均有权要求顾客赔偿医疗费、误工费、护理费等损失。店长可协助员工或其监护人整理证据（如医疗票据、工资证明），通过调解或诉讼途径索赔。
     
   • 雇主责任：若店长未尽到安全保障义务（如未安装监控、未及时制止暴力），可能需根据《民法典》第1198条承担补充赔偿责任。但若店长已及时采取措施，则无需承担责任。

4. 内部处理与预防
   店长需对涉事员工进行心理疏导，并安排临时调岗或休息。同时，应向全体员工通报事件处理结果，强化安全培训（如防暴技巧、应急流程），并在店内显著位置张贴“禁止暴力”警示标识。若顾客为常客或存在其他纠纷，需排查是否存在长期欺凌行为，避免类似事件再次发生。

特殊提示：智障员工属于弱势群体，法律对其保护力度更强。根据《残疾人保障法》第55条，禁止歧视、侮辱、侵害残疾人，违者可能面临行政处罚或民事赔偿。店长在处理时需特别注意方式方法，避免二次伤害。如有疑问，可直接向我咨询具体操作流程。