针对您提出的问题“违法行为发生在新法之前，行政申请和行政答复在新法之后，那适用新法还是旧法”，以下是我的详细解答：

1. 实体问题适用“从旧兼从轻”原则：

   • 从旧原则：根据法不溯及既往的法治理念，对于实体问题（如违法行为的性质认定、处罚种类和幅度等），原则上应适用违法行为发生时的旧法律规定。这是因为违法行为发生时，当事人应依据当时已经存在且明确的法律来规范自身行为，并对自己行为的后果有合理预期。
   • 从轻原则：然而，如果作出行政处罚决定时，法律、法规、规章已被修改或者废止，且新的规定对当事人更为有利（即处罚较轻或不认为是违法），则应当适用新的规定。这一原则体现了法律对当事人权益的保护，确保法律适用的公正性和合理性。

2. 程序问题适用新法：

   • 对于程序性问题（如行政行为的作出程序、证据的收集与审查等），无论违法行为何时发生，均应适用新法规定。这是因为程序规定往往关乎行政行为的合法性和正当性，新法通常对程序要求更为严格和规范，以确保行政行为的公正性和透明度。

3. 特殊情况处理：

   • 违法行为持续至新法生效后：如果违法行为发生在旧法实施期间，但连续到新法实施后被查处，此时应视为新法生效后的行为，原则上适用新法。但如果新法规定更轻或不认为违法，则仍应适用新法。
   • 分段计算与合并处罚：对于跨越新旧法的违法行为，如果新法规定的处罚较重，可能需要分段计算。即对旧法期间的行为适用旧法，对新法期间的行为适用新法，并根据具体情况进行合并处罚。这种处理方式旨在确保法律的公正性和合理性，同时避免对当事人造成不必要的过重负担。

法律依据：

• 《中华人民共和国行政处罚法》第三十七条明确规定：“实施行政处罚，适用违法行为发生时的法律、法规、规章的规定。但是，作出行政处罚决定时，法律、法规、规章已被修改或者废止，且新的规定处罚较轻或者不认为是违法的，适用新的规定。”

实践意义：

• 在处理行政案件时，遵循“实体从旧兼从轻，程序从新”的原则，不仅有助于维护法律的稳定性和可预测性，还能在确保行政相对人合法权益的同时，为行政机关提供明确的法律适用指引。因此，在实践中应严格遵循这一原则，并根据具体情况进行灵活应用，以确保行政行为的合法性和公正性。

如果您在行政案件中遇到类似问题，或者对法律适用有进一步疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律分析和建议。