当孕期女职工发现自己不能胜任同等性质的岗位工作时，这是一个需要用人单位和女职工双方共同面对和妥善处理的问题。以下是从女职工和用人单位两个角度出发，给出的详细处理建议：
对于女职工而言：
主动沟通与说明情况：
- 孕期女职工应及时与用人单位（如直属上级或人力资源部门）进行沟通，详细说明自己的怀孕情况及身体变化，比如妊娠反应强烈、容易疲劳等。
- 提供医生开具的相关诊断证明和病假条等材料，以便用人单位能够全面了解你的身体状况，并作出相应的调整。
申请调整工作岗位：
- 根据自身身体状况和工作实际，女职工可以向用人单位提出合理的调岗申请。
- 新岗位应选择劳动强度较低、对身体要求不高且不影响胎儿健康的职位，例如从需要频繁出差或长时间站立的岗位调至行政内勤等轻松岗位。
遵循医疗建议休息：
- 如果医生建议女职工因身体状况需要休息调养，那么应按照医嘱向用人单位申请病假。
- 提交必要的病历和诊断证明，以确保病假期间的合法权益得到保障，如工资待遇、社会保险等不受影响。
考虑灵活工作方式：
- 在法律允许的范围内，女职工可以与用人单位协商采取灵活的工作方式，如在家办公、弹性工作时间等。
- 这样既可以减轻身体负担，又能继续履行工作职责，保持与团队的沟通与协作。
对于用人单位而言：
依法调整工作岗位：
- 根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工孕期不能适应原劳动的，用人单位应依据医疗机构证明，减轻劳动量或安排其他能适应的劳动。
- 收到女职工调岗申请及相关医疗证明后，用人单位应结合实际情况为其安排合适岗位，并确保新岗位的工资待遇与原岗位相当，不得因怀孕而降低工资水平。
保障孕期待遇：
- 用人单位应按法律法规和劳动合同约定，按时足额支付孕期女职工工资。
- 若女职工因孕期请假，在法定医疗期内，应按当地规定支付病假工资，且不得低于最低工资标准的80%。
- 同时，确保女职工享有正常的福利待遇，包括社会保险、带薪年假等不受影响。
提供必要的劳动保护：
- 用人单位应为孕期女职工提供必要的劳动保护措施，如舒适座椅、良好通风和适宜温度的工作环境等。
- 这些措施旨在保障女职工和胎儿的健康，减少因工作环境不佳而可能带来的风险。
灵活工作安排：
- 用人单位应与女职工协商，探索实施灵活的工作方式，如远程办公、弹性工作制等。
- 这样既能适应女职工孕期的特殊需求，又能确保工作效率和团队协作不受影响。
法律维权途径：
如果用人单位违反相关法律法规，侵犯孕期女职工的合法权益，女职工可以通过以下途径维护自身权益：
- 首先尝试与用人单位协商解决；
- 如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉；
- 必要时，还可以申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。
综上所述，处理孕期女职工不能胜任岗位工作的问题时，用人单位和女职工应秉持法律法规为准则，通过积极沟通、合理调整、灵活安排及提供必要保护等措施，共同营造和谐、健康的劳动关系环境。