结论：合同中约定计件工资包含加班费的做法，在特定条件下可能被视为合法，但通常来说，计件工资不应包含加班费，加班应另行按照法律规定支付加班费。以下从不同角度进行详细分析：
一、计件工资与加班费的基本概念
计件工资：是依据劳动者生产的合格品数量（或作业量）及预先规定的单价来计算报酬的工资形式。它主要关注的是劳动者的工作成果，而非工作时间。
加班费：是用人单位在劳动者超出法定工作时间后应支付的额外工资。它是对劳动者在法定工作时间之外提供的额外劳动的补偿。
二、计件工资包含加班费的合法性分析
一般原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，实行计件工资的劳动者，在完成计件定额任务后，若由用人单位安排延长工作时间，应分别按照不低于其本人法定工作时间计件单价的150%（工作日加班）、200%（休息日加班且不能安排补休）、300%（法定节假日加班）的标准支付工资。
- 这意味着，计件工资本身并不包含加班费。加班费是针对劳动者在法定工作时间之外提供的额外劳动所支付的报酬，与计件工资的计算方式和支付原则截然不同。
特殊情况：
- 如果双方在合同中明确约定了计件工资已包含加班费，并且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准、加班费计算方式符合国家规定等），同时用人单位能够证明劳动者在正常工作时间内能够完成计件定额任务，且加班是劳动者自愿的，那么这种约定在理论上是有效的。但这种情况较为特殊，且需要满足严格的条件。
三、实践中的注意事项与风险
合同条款的明确性：
- 如果用人单位希望在合同中约定计件工资包含加班费，必须确保合同条款清晰、具体，明确指出计件工资中已包含加班费的部分，并详细说明加班费的计算方式和支付标准。
劳动定额的合理性：
- 用人单位制定的劳动定额应当是在法定工作时间内，本单位同岗位百分之九十以上劳动者能够完成的工作量。如果劳动定额过高，导致大多数劳动者在正常工作时间内无法完成，从而不得不延长工作时间以完成定额，而用人单位却未按照法律规定支付加班费，这种做法是不合法的。
法律风险与举证责任：
- 如果用人单位未依法支付加班费，或者约定的加班费低于国家规定的标准，劳动者有权要求用人单位补足差额部分。在发生劳动争议时，用人单位需要承担举证责任，证明其已经按照法律规定支付了加班费。如果无法提供充分证据，可能面临败诉的风险。
四、建议与总结
对用人单位的建议：
- 避免在合同中约定计件工资包含加班费，以减少法律风险和纠纷。
- 如果确实需要约定，应确保合同条款清晰、具体，并符合相关法律法规的规定。
- 合理安排劳动者的工作时间和休息时间，避免过度加班。
对劳动者的建议：
- 在签订劳动合同时，仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务。
- 如果发现用人单位未依法支付加班费，应及时与用人单位沟通协商，或向当地的劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等合法途径来维护自身的合法权益。
总结：虽然合同中约定计件工资包含加班费在特定条件下可能被视为合法，但通常来说，这种做法并不符合法律法规的强制性规定和劳动法的立法精神。因此，建议用人单位和劳动者在签订劳动合同时，应明确约定工资构成和加班费的支付方式，以确保双方的合法权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。