结论：关于公司协商离职3年到8年之间的超工时问题，能否主张相关权益取决于多个因素，包括超工时的具体证据、是否已过诉讼时效以及双方协商的具体内容等。以下从不同角度为您详细分析：
一、超工时的证据问题
证据收集：
- 要主张超工时的权益，首先需要收集充分的证据证明存在超工时的情况。这可能包括考勤记录、加班申请单、工作邮件往来、同事证言等。
- 证据应当真实、合法、有效，且能够直接证明超工时的事实。
证据保存：
- 证据的保存至关重要，尤其是电子证据，如考勤记录、工作邮件等，应当妥善保存，避免丢失或损坏。
- 如果可能，建议对证据进行公证或第三方认证，以增强其证明力。
二、诉讼时效问题
一般规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 对于超工时的争议，如果离职时已经知道或应当知道存在超工时的情况，那么诉讼时效通常从离职之日起计算。
特殊情况：
- 如果存在连续侵权的情况，如长期超工时且未支付加班费，那么诉讼时效可能从最后一次侵权行为发生之日起计算。但这种情况较为复杂，需要具体分析。
- 如果离职后双方就超工时问题进行了协商或达成协议，但协议未履行或履行不完全，那么诉讼时效可能从协议履行期限届满之日起重新计算。
3到8年的超工时：
- 如果离职已经3到8年，且在此期间未就超工时问题提出过仲裁或诉讼，那么很可能已经超过了诉讼时效。但具体还需根据上述特殊情况进行分析。
三、双方协商的具体内容
协商记录：
- 如果双方在离职时或离职后曾就超工时问题进行过协商，并留下了书面记录（如协议、邮件等），那么这些记录将作为重要证据影响案件的走向。
- 协商记录中如果明确承认了超工时的事实，并约定了补偿方式或金额，那么这将对劳动者主张权益产生积极影响。
协商结果：
- 如果协商结果已经履行完毕，且双方无异议，那么劳动者通常无法再就超工时问题提出新的主张。
- 如果协商结果未履行或履行不完全，劳动者可以在诉讼时效内主张剩余权益。
四、法律建议
收集证据：
- 尽快收集与超工时相关的所有证据，包括考勤记录、加班申请单、工作邮件等。
- 如果可能，对证据进行公证或第三方认证。
咨询专业律师：
- 由于劳动纠纷案件涉及复杂的法律关系和证据规则，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
- 律师可以根据您的具体情况分析诉讼时效、证据效力等问题，并帮助您制定合适的维权策略。
考虑协商或调解：
- 如果与用人单位之间仍存在协商的空间，可以考虑通过协商或调解的方式解决纠纷。
- 协商或调解具有成本低、效率高的优点，且有助于维护双方的关系。
及时主张权益：
- 如果决定通过法律途径主张权益，请务必在诉讼时效内提出仲裁或诉讼申请。
- 逾期提出申请将可能导致您失去主张权益的机会。
最后，关于公司协商离职3年到8年之间的超工时问题，能否主张相关权益需要综合考虑多个因素。如果您有具体的证据或情况需要咨询，请随时向我提问，我将根据您的具体情况为您提供更详细的法律建议。