您好，针对您提出的问题，关于残疾人现在不在挂靠公司了是否可以申请就业困难认定，以及是否会被查出以前的挂靠行为，我将结合相关政策为您详细解答。

一、关于残疾人申请就业困难认定

根据公开发布的信息，就业困难人员的认定范围通常包括残疾人员。具体来说，如果您是城镇户籍或城镇常住人员，并且持有《中华人民共和国残疾人证》，同时满足以下条件，您就可以申请认定为就业困难人员：

1. 已进行失业登记或转移就业登记；
2. 处于法定劳动年龄内，且未享受基本养老保险待遇；
3. 具有劳动能力；
4. 已向公共就业服务机构提出就业意愿、办理求职登记；
5. 通过公共就业服务机构提供的职业指导、职业测评、岗位推荐等公共就业服务至少1个月，并难以就业；
6. 未担任经营主体法人、股东、董事、监事、高级管理人员，以及个体工商户经营者；
7. 本人积极求职，除特定人员（如低保且失业1年以上人员、残疾人员等）外，申请日前至少连续6个月未就业；
8. 政务数据比对未发现不符合就业困难人员要求的其他情形。

二、关于是否会被查出以前的挂靠行为

在申请就业困难认定时，相关部门会进行一系列的审核和比对工作，包括但不限于您的就业状态、社保缴纳情况、工商注册信息等。如果您以前存在挂靠公司的行为，且该行为在您的社保记录或工商注册信息中有所体现，那么在审核过程中是有可能被发现的。

然而，需要明确的是，挂靠行为本身并不直接决定您是否符合就业困难人员的认定条件。关键在于您当前是否满足就业困难人员的认定标准。如果您现在确实处于失业状态，且满足其他认定条件，那么即使以前有过挂靠行为，也不应成为您申请就业困难认定的障碍。但如果您在挂靠期间实际上并未失业，或者挂靠行为影响了您当前的就业状态判断，那么这可能会对您的申请产生一定影响。

三、建议

1. 在申请就业困难认定前，建议您先自行核实您的就业状态、社保缴纳情况以及工商注册信息等，确保这些信息真实准确；
2. 如果您以前有过挂靠行为，且担心这会影响您的申请，可以在申请时主动向相关部门说明情况，并提供相关证明材料；
3. 遵循正规渠道和程序进行申请，确保您的申请材料真实完整，以提高申请成功率。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。