结论：农民工讨薪时被限制不让离开办公室，这一行为是违法的。
法律背景与解释：
人身自由权：
- 根据《中华人民共和国宪法》第三十七条：“中华人民共和国公民的人身自由不受侵犯。任何公民，非经人民检察院批准或者决定或者人民法院决定，并由公安机关执行，不受逮捕。禁止非法拘禁和以其他方法非法剥夺或者限制公民的人身自由，禁止非法搜查公民的身体。”
- 农民工在讨薪过程中，其人身自由权同样受到法律保护。雇主或任何个人无权非法拘禁或限制农民工的人身自由。
劳动法相关规定：
- 《中华人民共和国劳动法》第九十六条：“用人单位有下列行为之一，由公安机关对责任人员处以十五日以下拘留、罚款或者警告；构成犯罪的，对责任人员依法追究刑事责任：……（二）侮辱、体罚、殴打、非法搜查和拘禁劳动者的；……”
- 这一条款明确规定了用人单位不得非法拘禁劳动者，否则将面临法律制裁。
可能的法律后果：
- 如果农民工被限制不让离开办公室，且这一行为被证实为非法拘禁，那么实施这一行为的人将可能面临行政处罚（如拘留、罚款）或刑事处罚（如构成非法拘禁罪）。
- 同时，农民工有权向公安机关报案，要求保护其人身自由权，并有权要求雇主支付拖欠的工资及可能的赔偿。
法律建议：
- 保留证据：农民工在遭遇此类情况时，应尽可能保留相关证据，如现场照片、视频、录音、证人证言等，以便后续维权。
- 及时报案：农民工应立即向当地公安机关报案，说明情况并要求保护其人身自由权。
- 寻求法律援助：农民工可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权益并获取法律支持。
- 协商与调解：在保障自身安全的前提下，农民工也可以尝试与雇主进行协商或寻求劳动调解机构的帮助，以和平方式解决工资纠纷。
特殊情况说明：
- 如果农民工在讨薪过程中存在违法行为（如破坏财物、威胁他人等），雇主有权报警并要求公安机关处理，但无权自行限制农民工的人身自由。
- 在某些特殊情况下，如农民工涉嫌犯罪或存在其他严重违法行为，公安机关可能依法对其采取限制人身自由的措施，但这与雇主自行限制农民工人身自由是截然不同的。
综上所述，农民工讨薪时被限制不让离开办公室是违法的，农民工应了解自己的权益并采取相应的法律措施来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。