公司工资让政府发放是否合法，需分情况讨论：
一般情况下，公司工资应由公司自行发放
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是公司的基本义务，也是保障劳动者权益的重要法律基础。因此，在正常情况下，公司工资应由公司自行发放，而非由政府代发。
特殊情况下，政府可能介入工资发放
- 公司破产或严重经营困难：如果公司因破产、严重经营困难等原因无法按时支付工资，且符合相关法律法规规定的条件，政府可能会根据相关法律法规和政策，通过一定程序介入工资发放，以保障劳动者的基本生活需求。但这种情况下的政府介入，并非直接代替公司发放工资，而是通过特定机制（如破产清算、社会保障等）来保障劳动者的权益。
- 政府主导的特殊项目或政策：在某些特殊情况下，如政府主导的重大项目、政策性安置等，政府可能会根据相关政策规定，直接向劳动者发放工资或补贴。但这种情况下的政府发放，通常与特定的项目或政策相关，且需要符合相关法律法规和政策规定。
政府直接发放工资的合法性需严格审查
- 即使存在政府介入工资发放的情况，也需要严格审查其合法性。政府介入工资发放必须基于明确的法律法规和政策规定，且需要遵循法定程序。如果政府未经法定程序或未依据相关法律法规和政策规定直接发放工资，可能构成违法干预企业自主经营或侵犯劳动者权益的行为。
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果公司工资由政府发放，应首先了解政府介入的具体原因和法律依据。如果认为政府介入存在违法或不当之处，可以向相关部门投诉或寻求法律援助。
- 对于公司而言，应严格遵守相关法律法规和政策规定，按时足额支付劳动者工资。如果因特殊原因无法按时支付工资，应及时与劳动者沟通并寻求解决方案，避免引发劳动纠纷和法律风险。
可能后果：
- 如果公司未经法定程序或未依据相关法律法规和政策规定将工资发放责任转嫁给政府，可能面临劳动行政部门的处罚和劳动者的法律诉讼。
- 如果政府未经法定程序或未依据相关法律法规和政策规定直接发放工资，可能构成违法行政行为，需要承担相应的法律责任。
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