工资由第三方公司发放是合法的，但需满足一定条件。
在我国，法律并未明确禁止工资由第三方公司发放。实践中，许多企业出于管理效率、成本控制等考虑，会选择委托专业的人力资源服务公司或财务公司等第三方机构来处理工资发放事务。然而，这种操作必须满足以下条件才能确保合法性和员工权益：
正规委托协议：公司与第三方需签订正式的委托协议，详细规定双方的权利和义务，包括工资发放的时间、方式、金额准确性以及信息保密等内容。此协议应确保第三方能够按照公司提供的工资明细，按时、足额将工资发放到员工账户。
员工权益保障：员工的工资待遇、支付周期等必须符合法律法规的规定。公司不能因委托第三方发放工资而降低员工的福利待遇或损害其合法权益。同时，第三方机构也需确保在代发工资过程中不侵犯员工的个人信息和隐私。
信息透明度：公司应向员工明确告知委托第三方发放工资的情况，包括第三方的身份、资质以及代发工资的具体安排等，确保员工对工资的发放主体和方式有充分的知情权。
若公司仅委托第三方代发工资，且该过程完全合法、透明，并明确告知了员工，同时员工的工资权益未受到任何影响，则这种操作在法律上是可行的。然而，如果公司试图通过这种方式逃避法律责任，如逃避社保、公积金的缴纳，或者第三方机构在工资发放过程中出现失误导致员工权益受损，那么公司和第三方都可能面临法律风险。
因此，在选择通过第三方发放工资时，公司应务必确保操作的合法性和透明度，并签订正规的委托协议以保障员工权益。同时，员工也应了解自己的工资发放情况，并在权益受损时及时寻求法律援助。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。