1. 核心结论：店内营业额被员工使用，这属于资金异常流动情况，可能涉及员工侵占、挪用资金等违法行为，也可能存在内部管理漏洞或误会，需要分情况处理。
2. 情况一：员工存在侵占、挪用资金等违法行为
   • 法律分析：如果员工未经授权，擅自将店内营业额用于个人用途，且数额较大（一般来说，侵占数额达到6万元以上可能构成职务侵占罪的立案标准，但各地标准可能略有差异；挪用资金罪立案标准通常为挪用本单位资金数额在5万元以上，超过三个月未还的，或者虽未超过三个月，但数额较大、进行营利活动的，或者进行非法活动的），可能构成职务侵占罪或挪用资金罪。即使数额未达到刑事立案标准，员工的行为也违反了《民法典》中关于不当得利的规定，店主有权要求员工返还相应款项。
   • 处理建议：
     • 收集证据：首先要收集能够证明员工使用了营业额的证据，如监控录像、财务记录、员工签字确认的相关单据等。这些证据将有助于后续的维权行动。
     • 与员工沟通：在掌握一定证据后，可以与员工进行沟通，了解其使用营业额的原因和具体情况。如果员工承认错误并愿意返还，可以要求其签订书面还款协议，明确还款金额、时间和方式。
     • 报警处理：如果员工拒绝返还或者数额较大涉嫌犯罪，应及时向公安机关报案，由公安机关进行调查处理。
     • 民事诉讼：如果公安机关不予立案或者通过刑事途径无法追回全部损失，店主可以向法院提起民事诉讼，要求员工返还营业额并赔偿损失。
3. 情况二：存在内部管理漏洞或误会
   • 法律分析：有时候员工使用营业额可能是由于内部管理流程不清晰、授权不明确或者存在误会等原因导致的。这种情况下，虽然员工的行为可能不构成犯罪，但店主仍然需要关注内部管理问题，以避免类似情况再次发生。
   • 处理建议：
     • 审查内部管理流程：对店内的财务管理流程进行全面审查，明确各项资金的收支权限和审批程序，确保每一笔资金的使用都有明确的记录和审批。
     • 加强员工培训：对员工进行财务知识和职业道德培训，提高员工的法律意识和职业道德水平，让员工明白擅自使用营业额的严重后果。
     • 建立监督机制：建立内部监督机制，如定期对财务记录进行审计、设置举报渠道等，及时发现和处理异常情况。
     • 与员工沟通解决：如果是由于误会导致的，可以与员工进行沟通，解释清楚情况，消除误会，并要求员工返还相应款项。

总之，店内营业额被员工使用是一个需要重视的问题，店主应根据具体情况采取相应的措施，维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。