针对您提出的“员工拿店里营业款走了怎么处理”的问题，这是一项既涉及法律又关乎内部管理的重要事务，需要细致且妥善地处理。以下是我为您整理的一套全面、条理清晰的处理方案：

一、初步调查与证据收集

1. 核查交易记录：首先，您需要通过收银系统记录、电子支付账单等渠道，详细核查营业额异常减少的具体时间、金额以及交易明细，这是后续处理的基础。

2. 调取监控录像：检查店内的监控视频，寻找员工偷拿营业款的直接证据。请确保视频的完整性和真实性，以便在需要时作为法律证据。

3. 收集证人证言：询问其他员工或顾客是否目睹了相关情况，并记录他们的陈述。这些证言可能对后续处理起到关键作用。

4. 核对员工工作记录：查阅排班表、考勤记录等，确认涉事员工在事件发生时的在岗情况，以进一步佐证其涉案可能性。

二、与员工沟通并听取解释

1. 私下谈话：在掌握初步证据后，与涉事员工进行冷静、理智的沟通。了解其工作情况，并表达您对事件的关切和严肃态度。

2. 听取并记录解释：给予员工充分的机会来解释其行为。认真倾听其陈述，并做好详细记录。如果员工承认错误，可以要求其书面详细说明情况，以便后续处理。

三、根据情节轻重采取相应法律措施

1. 内部纪律处分：

   • 如果员工行为情节较轻、金额较小，且认错态度良好，您可以考虑采取警告、罚款、降职、降薪或停职等内部纪律处分。
   • 处分决定应以书面形式通知员工，并要求其签字确认。同时，在公司内部进行公示，以示警示其他员工。

2. 解除劳动合同：

   • 如果员工行为严重违反公司规章制度，如多次偷拿营业款或金额巨大，您可以按法定程序解除劳动合同。
   • 出具书面证明，明确解除劳动合同的原因和依据，并办理离职手续。

3. 报警追究刑事责任：

   • 如果偷拿金额较大，达到当地盗窃罪立案标准，或存在多次偷窃等恶劣情节，您应立即向公安机关报案。
   • 配合警方调查，提供全部证据材料。员工可能因此面临刑事指控及相应的刑罚。

四、配合警方调查与追究民事赔偿责任

1. 积极协助调查：在警方介入后，您应全力配合警方的调查工作，提供必要的协助和信息。

2. 追究民事赔偿：根据警方调查结果和法院判决，您可以依法要求员工赔偿因偷拿营业款造成的损失。这包括直接的经济损失以及可能因事件导致的其他间接损失。

五、完善内部管理与防范措施

1. 健全财务管理制度：明确收款、交款、对账等流程，确保每一笔交易都有明确的记录和可追溯性。实行财务人员定期轮岗制度，以降低舞弊风险。

2. 加强员工培训与教育：定期开展职业道德和法律知识培训，提高员工的法律意识和职业操守。让员工明白偷拿营业款是违法行为，并会受到严厉的处罚。

3. 增强安全防范能力：在重要区域安装监控设备，设置报警系统，增强店铺的安全防范能力。这不仅可以防止类似事件再次发生，还可以在事件发生时提供有力的证据。

4. 定期盘点与审计：定期对营业额、库存等进行盘点，确保账实相符。聘请专业审计机构进行财务审计，及时发现并纠正可能存在的问题。

综上所述，处理员工拿店里营业款走了的问题需要依法依规进行，既要确保处理的公正性和合法性，也要加强内部管理和防范措施，以降低类似事件的发生概率并保护门店的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。