针对您提出的“店长拿店里营业款怎么处理”这一问题，这是一个涉及公司财务管理和法律责任的严肃问题，需要采取一系列明确且有序的步骤来妥善处理。以下是我为您提供的详细解答：

一、立即行动，确认事实并收集证据

1. 内部初步调查：首先，您需要迅速组织内部审计，仔细检查账目明细、交易记录、资金进出记录、发票、收据等财务文件，同时查看监控录像等相关资料，以确认店长是否确实存在挪用营业款的行为，并收集确凿证据。

2. 证据保全：在调查过程中，务必确保所有与挪用公款有关的信息被详细记录，并采取必要措施妥善保存这些证据，如备份电子数据、封存纸质文件等，以防证据被篡改或销毁。

3. 额外证据搜集：除了财务数据，还应收集相关聊天记录、电子邮件、工作汇报等，以全面还原事件经过。同时，考虑寻求其他同事的证人证言，以进一步证实店长的行为。

二、内部沟通与处理

1. 与店长沟通：在掌握充分证据后，与涉事店长进行面对面沟通，了解其动机和具体情况。在沟通中，明确告知公司对此类行为的零容忍态度及可能面临的法律后果，要求其立即返还挪用的款项。

2. 向上级领导或专门部门汇报：按照公司正规流程，向直属上级或内部审计、合规等部门如实报告情况，并提供所收集的证据。公司可能会根据内部规章制度对店长进行纪律处分或采取其他措施。

三、报警与法律介入

1. 报警处理：若店长挪用公款数额较大或情节严重，构成犯罪行为，应立即向当地公安机关报案，并提供详细证据材料协助警方调查。警方将依法对店长进行刑事侦查，并可能采取强制措施。

2. 法律咨询：在整个过程中，建议咨询专业律师，了解具体的法律程序、追诉途径及可能涉及的法律风险。律师将为您提供法律意见，帮助您维护公司合法权益。

四、后续法律行动与赔偿

1. 民事诉讼：根据实际情况，考虑是否对店长提起民事诉讼，要求其赔偿公司因此遭受的损失。民事诉讼将通过法院审理，判决店长承担相应的民事责任。

2. 配合调查：无论是公司内部调查还是外部执法机构的调查，都应积极配合，提供所需信息，并确保所提供证据的真实性和完整性。这将有助于加快调查进程，维护公司利益。

五、内部管理改进与预防

1. 加强财务管理：对公司的财务管理制度进行全面审查和改进，确保财务流程的规范性和透明度。加强资金监管，防止类似事件再次发生。

2. 员工培训与教育：加强员工对财务纪律和法律意识的认识，定期开展反舞弊教育和培训。提高员工的诚信意识和法律意识，营造诚信经营的企业文化。

3. 建立长效机制：制定严格的内部控制制度和审计流程，定期进行财务审计和风险评估。通过制度建设和监督机制，确保公司财务安全，防范潜在风险。

综上所述，处理店长拿店里营业款的问题需要谨慎而果断。通过立即行动与证据收集、内部沟通与处理、报警与法律介入、后续法律行动与赔偿以及内部管理改进与预防等多方面的措施，您可以有效地应对这一问题，并保护公司的合法权益。同时，也强调了预防与教育的重要性，以减少未来类似事件的发生。