店员已将挪用的营业款归还店主，仍可能面临法律责任，但具体后果需结合挪用情节、数额及主观意图综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律定性：挪用资金罪的构成与例外

1. 构成挪用资金罪的核心要件
   根据《刑法》第272条，店员作为单位工作人员，若利用职务便利挪用本单位资金归个人使用，数额较大（通常1万元以上）、超过三个月未还，或虽未超过三个月但用于营利、非法活动的，即构成挪用资金罪。
   关键点：即使款项已归还，只要行为符合上述要件，仍可能被追究刑事责任。归还行为仅影响量刑，不影响罪名成立。

2. 已归还款项的法律意义
   若店员在司法机关提起公诉前归还全部款项，根据《刑法》及相关司法解释，可依法从轻或减轻处罚；犯罪情节较轻的，甚至可能免除处罚。但“免除处罚”需以犯罪情节显著轻微为前提，例如挪用时间极短、未造成实际损失等。

二、量刑因素：司法实践中的综合考量

司法机关在量刑时会重点审查以下情节：

1. 挪用数额与时间

   • 数额：1万元通常达到“数额较大”标准，但若数额接近起罚点（如1万至2万），且归还及时，可能被认定为“情节较轻”。
     
   • 时间：若挪用未超过三个月即归还，且未用于营利或非法活动，量刑可能更轻。

2. 主观恶性与认罪态度

   • 店员是否主动归还、是否配合调查、是否承认错误，均会影响量刑。例如，主动归还且认罪认罚的，可能适用缓刑或单处罚金。

3. 实际损失与补救措施

   • 若店员归还后未造成店铺经营障碍或资金链断裂，司法机关可能酌情从宽处理。

三、实务建议：店员与店主的应对策略

1. 店员角度

   • 立即归还并保留证据：归还时建议通过银行转账、书面确认等方式留存凭证，避免口头归还引发争议。
     
   • 主动配合调查：若警方介入，应如实陈述事实，避免隐瞒或谎报，争取从宽处理。
     
   • 咨询专业律师：根据案件细节（如挪用次数、用途等），律师可协助评估刑事风险，制定辩护策略。

2. 店主角度

   • 固定证据：发现资金异常后，应立即调取监控、账目记录等证据，证明店员利用职务便利挪用资金。
     
   • 权衡处理方式：若店员系初犯且归还及时，可考虑通过内部处理（如辞退、赔偿）解决；若情节严重，应及时报警并配合司法机关调查。
     
   • 完善内部管理：建议建立资金审批制度、定期对账机制，降低类似风险。

四、典型案例参考

案例：某店员挪用1.2万元营业款，两周后归还，店主报警。法院审理认为，店员行为构成挪用资金罪，但鉴于其主动归还、认罪态度好，且未造成实际损失，最终判处拘役三个月，缓刑六个月。
启示：归还行为是重要的量刑减轻情节，但无法完全免除刑事责任。

五、总结与进一步建议

1. 若店员已归还且无其他违法情节，可能面临拘役或缓刑，但需承担刑事责任。
   
2. 若店员挪用资金用于赌博等非法活动，即使归还，也可能被认定为“情节严重”，量刑更重。
   
3. 建议店员与店主协商解决，若协商不成，店主可依法维权，店员应积极应对司法程序。

如有具体细节（如挪用次数、用途、归还时间等），可进一步向我咨询，我将结合案情提供更精准的法律意见。