员工生病住院期间，劳动关系本身并不直接涉及“赔偿”问题，但可能涉及医疗期、工资支付、劳动合同解除或终止等情形下的经济补偿或医疗补助费等。具体处理需根据员工病情、医疗期、劳动合同履行情况等因素综合判断。以下分情况详细说明：

1. 医疗期内的工资支付
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤停止工作治病休息时，用人单位不得解除劳动合同，且需在医疗期内支付病假工资或疾病救济费。具体标准如下：

   • 医疗期长度根据员工实际工作年限和在本单位工作年限确定（如3-24个月不等）；
     
   • 病假工资不得低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地区政策而异）；
     
   • 若医疗期满后仍不能从事原工作或另行安排的工作，用人单位可依法解除劳动合同，但需支付经济补偿。

2. 医疗期满后的劳动合同解除
   若员工医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位可提前30日以书面形式通知员工或额外支付1个月工资后解除劳动合同，并需按《劳动合同法》第47条规定支付经济补偿：

   • 经济补偿按员工在本单位工作年限计算，每满1年支付1个月工资；
     
   • 6个月以上不满1年的按1年计算，不满6个月的支付半个月工资；
     
   • 月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资3倍的，按3倍支付，且补偿年限最高不超过12年。

3. 医疗补助费的支付
   若员工因患病或非因工负伤被解除劳动合同，且经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作、也不能从事用人单位另行安排的工作，用人单位除支付经济补偿外，还需根据《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》等规定支付医疗补助费。具体标准因地区政策而异，通常为6-12个月工资。

4. 特殊情形下的处理

   • 工伤或职业病：若员工因工作原因患病或受伤，适用《工伤保险条例》，享受工伤医疗待遇、停工留薪期工资等，不适用上述医疗期规定；
     
   • 非法解除劳动合同：若用人单位在医疗期内违法解除劳动合同，员工可要求继续履行合同或主张赔偿金（赔偿金为经济补偿标准的2倍）。

建议：

• 员工应保留医疗证明、病假单等证据，以维护自身权益；
  
• 用人单位应依法支付病假工资、经济补偿或医疗补助费，避免违法解除劳动合同的风险；
  
• 具体操作需结合地方政策（如最低工资标准、医疗补助费细则等），如有疑问可直接向我咨询。