结论：协议中没有约定赔偿标准时，依然可以申请仲裁，仲裁庭会根据法律规定、行业惯例、实际损失情况等多方面因素来综合确定赔偿标准。以下为你详细阐述：

1. 仲裁的受理依据
   • 仲裁协议是仲裁机构受理案件的基础，只要双方签订的协议中存在有效的仲裁条款，明确约定了仲裁事项和选定的仲裁委员会，即便没有约定赔偿标准，仲裁庭依然有权受理该仲裁申请。因为仲裁条款的核心作用是确定争议解决的方式和机构，赔偿标准并非是仲裁协议生效的必要条件。例如，甲乙双方签订了一份买卖合同，合同中约定“因本合同产生的争议，提交某仲裁委员会仲裁”，后来在履行合同过程中发生纠纷，虽然合同未约定违约赔偿标准，但仲裁委员会仍会受理该案件。
2. 仲裁庭确定赔偿标准的方式
   • 依据法律规定：仲裁庭会首先查找相关法律法规中关于该类争议赔偿标准的规定。例如，在合同纠纷中，如果一方违约给对方造成损失，根据《民法典》的规定，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益，但不得超过违约一方订立合同时预见到或者应当预见到的因违约可能造成的损失。仲裁庭会以此为依据来确定赔偿范围和标准。
   • 参考行业惯例：在某些行业中，存在着一些通行的做法和标准，仲裁庭在确定赔偿标准时可能会参考这些行业惯例。比如，在运输行业中，对于货物损坏的赔偿，通常有一定的行业计算方式和赔偿比例，如果双方协议未约定赔偿标准，仲裁庭可能会结合该行业的惯例来作出裁决。
   • 考虑实际损失情况：仲裁庭会要求双方当事人提供证据，以证明因对方违约或侵权行为所造成的实际损失。这包括直接损失和间接损失，如货物损失的价值、因违约导致的额外费用支出、利润损失等。仲裁庭会根据这些证据来综合评估损失的大小，并据此确定赔偿标准。例如，在一方未按照合同约定交付货物，导致另一方无法按时完成生产任务，从而遭受了额外的采购成本和生产延误损失，仲裁庭会根据相关证据来确定这些损失的具体金额，并作为赔偿的依据。
3. 对当事人的建议
   • 收集证据：在申请仲裁前，当事人应尽可能收集与损失相关的证据，如合同、发票、付款凭证、沟通记录、鉴定报告等，以证明自己的实际损失情况。证据越充分、详细，越有利于仲裁庭准确确定赔偿标准。
   • 合理主张赔偿：当事人应根据法律规定和实际情况，合理提出赔偿请求。既不能过高地主张赔偿，导致仲裁庭难以支持；也不能过低地主张，损害自己的合法权益。可以参考类似案例的裁决结果，结合自身情况进行合理估算。
   • 积极配合仲裁程序：在仲裁过程中，当事人应积极配合仲裁庭的工作，按照要求提供证据、参加庭审等。如实陈述事实，遵守仲裁程序的规定，以确保仲裁程序能够顺利进行，自己的权益能够得到有效维护。