结论：在申请追加执行总公司被驳回且未在15日内提起执行异议之诉的情况下，是否还可以另行起诉总公司，这主要取决于具体的法律程序和案件情况，但通常情况下，若未在法定期限内提起执行异议之诉，则可能丧失了通过该程序直接追加总公司为被执行人的权利，不过这并不意味着完全不能另行起诉总公司，只是需要依据不同的法律程序和事实依据来进行。
分析说明：
执行异议之诉的期限与后果：
- 根据相关法律规定，若对执行法院作出的追加被执行人裁定不服，相关当事人有权在收到裁定之日起15日内向执行法院提起执行异议之诉。
- 若未在此期限内提起诉讼，则通常视为接受该裁定，即可能丧失了通过执行异议之诉程序直接追加总公司为被执行人的权利。
另行起诉总公司的可能性：
- 基于合同或侵权等法律关系：如果与总公司之间存在合同关系或总公司存在侵权行为，且该合同关系或侵权行为与执行案件中的债务有直接关联，那么可以基于这些法律关系另行起诉总公司，要求其承担相应的法律责任。
- 基于公司法人人格否认：在某些情况下，如果分公司作为总公司的分支机构，其财产不足以清偿债务，且总公司存在滥用公司法人人格、逃避债务等行为，那么可以依据公司法的相关规定，请求法院否认分公司的独立法人人格，直接追究总公司的责任。但这种情况下的诉讼程序和事实依据要求较为严格。
实际操作建议：
- 审查案件事实与证据：在决定是否另行起诉总公司之前，应仔细审查案件事实和相关证据，确保有充分的依据支持诉讼请求。
- 咨询专业律师：由于法律程序复杂且涉及专业法律知识，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和操作指导。
- 考虑诉讼成本与效益：在决定是否提起诉讼时，还应考虑诉讼成本、时间成本以及可能获得的诉讼效益等因素。
特殊场景：
- 如果在执行过程中发现总公司存在转移财产、逃避执行等行为，且这些行为直接影响了执行案件的进展和结果，那么可以及时向执行法院提供相关证据，请求法院采取相应的执行措施或追究总公司的法律责任。
行动建议：
- 鉴于您目前的情况，我建议您首先仔细审查案件事实和相关证据，评估另行起诉总公司的可行性和风险。
- 如果您决定另行起诉总公司，请务必在诉讼前咨询专业律师，以确保诉讼程序的合法性和有效性。
- 在诉讼过程中，请积极配合律师的工作，提供必要的证据和支持，以维护您的合法权益。
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