结论：公司扣了保险费但未缴费，员工不上班是否违法需分情况讨论，不能一概而论。

1. 从员工角度分析

   • 若员工以公司未依法缴纳社保为由解除劳动合同并拒绝上班：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条规定，用人单位未依法为劳动者缴纳社会保险费的，劳动者可以解除劳动合同。在这种情况下，员工因公司未履行缴纳社保的法定义务而选择不上班，并以此为由解除劳动合同，是合法的行为，不构成违法。员工不仅可以要求公司支付解除劳动合同的经济补偿金，还可以要求公司补缴社会保险费。
   • 若员工无正当理由不上班：即使公司存在扣了保险费但未缴费的违法行为，这并不能成为员工无正当理由不上班的合法理由。员工应当遵守公司的规章制度和劳动纪律，按时出勤上班。如果员工无正当理由擅自不上班，可能构成旷工，公司有权依据规章制度对员工进行处理，如警告、扣发工资、解除劳动合同等。

2. 从公司角度分析

   • 公司扣了保险费但未缴费的行为违法：根据《中华人民共和国社会保险法》第六十条规定，用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。公司扣了员工的保险费却未缴纳，违反了上述法律规定，损害了员工的合法权益。员工可以向当地社会保险行政部门投诉，要求公司补缴社会保险费，并可能面临社会保险行政部门的处罚。

建议：对于员工而言，如果发现公司扣了保险费但未缴费，应当先与公司进行沟通协商，要求公司及时补缴。如果公司拒绝补缴，可以向当地社会保险行政部门投诉，或者依法申请劳动仲裁、提起诉讼，维护自己的合法权益。同时，在采取不上班等措施时要谨慎，确保有合法的理由和依据。对于公司而言，应当严格遵守法律法规，按时足额为员工缴纳社会保险费，避免因违法行为引发劳动纠纷和法律风险。