旷工两天公司按自离处理是否合法，主要取决于公司的规章制度和劳动合同中的具体约定，以及这些规定是否符合法律法规的要求。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
公司规章制度的角度：
- 明确规定：如果公司的规章制度中明确规定了旷工达到一定天数（如两天）即视为自动离职，并且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会协商等），并向劳动者公示或告知，那么公司依据此规定按自离处理是合法的。
- 未明确规定：如果公司的规章制度中没有明确规定旷工两天算自动离职，那么旷工两天的行为可能不构成自动离职。但即便如此，旷工行为仍然违反了公司的考勤制度，公司有权根据情节轻重给予相应的纪律处分，如警告、罚款、扣发工资等，但直接按自离处理可能缺乏依据。
劳动合同的角度：
- 劳动合同约定：劳动合同是双方协商一致的结果，其中可能包含关于旷工和自动离职的特别约定。如果劳动合同中明确规定了旷工两天即视为自动离职，那么员工旷工两天后，公司可以依据合同约定解除劳动合同。
- 无约定或约定不明：如果劳动合同中没有明确约定旷工两天算自动离职，或者约定不明确，那么公司不能仅凭旷工两天就按自离处理，而应依据公司规章制度或相关法律法规进行处理。
法律法规的角度：
- 无统一规定：我国《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》中，并未直接规定旷工多少天即构成自动离职。因此，不能仅凭旷工两天就直接认定劳动者自动离职。
- 劳动合同解除条件：根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但“严重违反”的具体标准需由用人单位的规章制度来界定。如果公司的规章制度或劳动合同中未将旷工两天规定为严重违反规章制度的行为，那么公司按自离处理可能缺乏法律依据。
法律建议：
- 对于公司：在制定和执行规章制度时，应确保规定的合法性、合理性和可操作性。明确旷工等违纪行为的处理方式和程序，并向劳动者公示或告知。在处理旷工等违纪行为时，应遵循法定程序，确保处理结果的合法性和公正性。
- 对于劳动者：应严格遵守公司的规章制度和劳动合同中的约定，按时出勤、认真工作。如果因特殊原因需要请假或旷工，应提前与公司沟通并获得批准。如果公司按自离处理存在争议，可以与公司协商解决或向劳动争议仲裁机构申请仲裁。
可能后果：
- 如果公司按自离处理缺乏依据或违反法律法规，劳动者有权向劳动争议仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金等。
- 如果劳动者的旷工行为确实严重违反了公司的规章制度或劳动合同中的约定，公司有权依法解除劳动合同，并无需支付经济补偿金。
总之，旷工两天公司按自离处理是否合法，需根据公司的规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。